Placé au fond de l'église, le retable du maître-autel est un ensemble de style classique, relativement massif et austère, commandé au début du 18e siècle et ayant connu deux campagnes de restauration au cours du 19e siècle lui ayant donné son aspect actuel.
En 1713, d'après les archives, le conseil de fabrique de la paroisse de Sainte-Spérie commanda la réalisation d'un retable monumental auprès de M. Pousselgues (dit Caussade), maître-architecte de Cahors : sa fabrication se serait étendue jusqu'en 1722. La structure en pierre associe des plaques de marbre rose de Caunes (Bas-Languedoc), de la pierre blanche de Carennac (Lot) et du marbre rouge-brun de Comiac (commune de Saint-Médard), disposés au milieu d'enduits aux couleurs vives. Les deux paires de colonnes séparant les travées encadrent une toile peinte de La Crucifixion datant du début du 19e siècle. De chaque côté, des niches avec coquilles accueillent quatre grandes statues en bois doré figurant sainte Spérie (patronne de l'édifice) et saint Pierre à gauche, saint Paul et sainte Fleur à droite : elles auraient été exécutées en 1718-1719 par les frères Baptiste et dorées par M. Truqui dans un second temps.