Dans la chapelle sud, le petit autel en bois doré date de la 2e moitié du 17e siècle. L'exceptionnel tabernacle prend la forme d'un pélican ailé qui s'ouvre les flancs pour nourrir ses petits, allégorie de la Charité chrétienne. Le devant d'autel représente le martyre de saint Agapit, patron de l'église, décapité par un légionnaire auprès d'un lion. L'exposition forme un monumental médaillon figurant l'assomption de la Vierge portée dans les cieux par des angelots, entourés de nuages habités, des rayons de lumière et deux anges en prière.
L'ensemble prenait autrefois place dans le chœur. Il a sans doute été déplacé suite au Concile Vatican II et aux réformes liturgiques à partir desquelles le prêtre a officié face aux fidèles. Les anciens autels ont alors été avancés ou remplacés.
