Epousant la forme du chœur à pans coupés, le retable du maître-autel est organisé sur trois registres superposés et se développe sur trois travées verticales, dont les deux latérales sont légèrement incurvées. Les structures porteuses en bois et statues partiellement doré, argenté et peint, prennent place sur un soubassement maçonné en pierre et marbre rose qui forme une banquette autour du chœur.

La travée centrale présente successivement en partie basse une estrade à une seule marche en bois marqueté, un autel tombeau galbé (figurant l'agneau pascal entouré de têtes d'anges parmi des nuées argentées, ainsi que deux anges aux angles), un gradin unique (avec des rinceaux dorés en applique), un tabernacle entièrement doré en forme d'urne arrondie (avec Christ berger sur la porte, cornes d'abondance sur les flancs et têtes d'anges) entouré de deux ailes ou volets formant joues ornées de bas-reliefs (l'Annonciation à gauche, la Visitation à droite), au-dessus desquelles sont placées deux statuettes (un ange en prière), le tout étant coiffé d'une exposition pour une croix d'autel placée sous un dais architecturé et devant un bas-relief (des têtes d'anges dans des nuées argentées). Le registre médian est occupé par un grand panneau rectangulaire (figurant la Crucifixion, fait de planches peintes et rehaussé de trois bas-relief en méplat), de forme incurvée pour la traverse haute et placé dans un cadre mouluré (orné de feuilles de laurier) ; il est surmonté par une corniche formant entablement et entouré de chaque côté successivement par un panneau vertical (orné d'un cartouche avec rinceaux), une colonne ronde (ornée d'une fine guirlande de fleurs enroulée jusqu'à un chapiteau corinthien) et un pilastre lisse placé en retrait (coiffé lui-aussi d'un chapiteau corinthien), soutenus eux-mêmes au registre inférieur par des caissons en bois (dont les faces principales présentent des bas-reliefs des quatre évangélistes avec leurs attributs : saint Luc et saint Jean à gauche, saint Marc et saint Matthieu à droite) reposant par des bases maçonnées en marbre rose. Le registre supérieur de la travée centrale présente un grand fronton de forme triangulaire formé par un seul panneau de bois ajouré en son centre pour accueillir un petit vitrail placé juste au-devant d'une fenêtre (figurant l'esprit saint), entouré de têtes d'anges dans des nuées argentées puis d'une bordure de feuillages se rejoignant au sommet en une fleur ; deux statues de grande nature figurant des anges agenouillés prennent place au-dessus des colonnes, de part et d'autre du fronton.

Chaque travée latérale s'organise de la même façon, symétriquement par rapport à la travée centrale. En partie basse, une statue de moyenne nature d'ange agenouillée prend place au centre dans une niche ajourée dans la maçonnerie et repose sur une base circulaire en marbre rose, et est entourée de quatre panneaux verticaux ornés de faux-marbres au formes chantournées, dans les deux au plus près de l'autel accueillent des tablettes en saille fixées par trois pieds. Le registre médian présente deux panneaux verticaux (ornés de chutes de coquilles et feuilles d'acanthe) autour d'une grande niche ajourée dans le mur du chœur, entourée d'un cadre à volutes (mouluré et portant des motifs végétaux de style rocaille) et occupée par une statue de grande nature (saint Jean-Baptiste à gauche, saint Pierre à droite), elle-même placée au-dessus d'une console semi-circulaire (ornée de têtes d'anges). L'entablement légèrement curviligne présente sur la corniche la même frise de rinceaux qu'au-dessus de l'autel, puis un grand fronton circulaire avec un bas-relief en médaillon central (le Baptême du Christ à gauche, la Décollation de saint Jean-Baptiste à droite) entouré d'un cadre mouluré formant de petites volutes sur les bords. Aux extrémités du retable, un pilastre arrondi masque la retombée des voûtes du chœur, et est suivi d'un dernier panneau vertical en bois au-dessus des panneaux en marbre scellés au mur, rehaussé de bas-reliefs (un ange debout en méplat et des instruments liturgiques noués en applique), et surmonté d'une console (ornée de têtes d'anges) accueillant une statue de grande nature figurant un ange debout de même facture que les deux au-dessus de l'autel.