L'église renferme trois grands retables de la fin du 17e siècle et du début du 18e siècle.

Le retable du maître-autel est une oeuvre de style baroque en bois sculpté et doré, datant de la fin du 17e siècle, peut-être exécutée par l'atelier des Tournié de Gourdon. Organisé verticalement sur une seule travée, le retable est globalement dédié à la Vie et Passion du Christ. Le tableau central représente néanmoins le saint patron de la paroisse (saint Pierre tenant ses clés pose devant une architecture à l'antique, un coq perché en arrière plan), mais il a sans doute été refait au 19e siècle. Datant probablement des années 1680, ce grand retable présente de fortes similitudes avec d'autres oeuvres sculptées dans les environs de Gourdon, notamment le maître-autel de l'église de Prouilhac attribué aux Tournié, sculpteurs installés dans cette même ville de Gourdon.

Deux autres retables ornent les chapelles de l'église de Montcléra, à peu près contemporains, mais d'une facture légèrement différente, plus grossière.

Le retable de la chapelle Nord dédié au Christ emprunte au Classicisme sa structure et son vocabulaire végétal : il date vraisemblablement de la fin du 17e ou du début du 18e siècle. L'iconographie des deux statues invite à les identifier comme saint Dominique et sainte Catherine, associés généralement à la représentation du don du Rosaire. Dans cette hypothèse, ce retable aurait pu être érigé par une confrérie du Rosaire.

L'antependium présente l'Enfant Jésus entouré des instruments de la Passion. Ce thème dit de l'Enfant roi est relativement rare. Dans le Lot, il est également figuré sur un bas-relief conservé dans la chapelle Notre-Dame de la Pitié de l'église Saint-Sauveur de Figeac et sculpté dans la seconde moitié du 17e siècle. Ce culte, qui connaît une intensité nouvelle au 17e siècle, rappelle que le Christ porte en lui son inéluctable destin dès sa naissance.

Le retable secondaire dédié à la Vierge installée dans la chapelle sud date du début du 18e siècle. En bois partiellement doré, il se distingue par sa toile peinte de la Piéta, entourée de reliefs sculptés de pélicans, et surmontée des instruments de la Passion au fronton. A l'occasion de l'inventaire des biens de l'église, le 9 février 1906, la femme de M. Hugues Maurice Dupuy, propriétaire du château de Montcléra, Conseiller général du canton de Cazals et maire de Montcléra, tient à revendiquer la chapelle de la Vierge comme propriétaire personnelle et sépulture de la famille.

Une stalle au décor fleuri de la fin du 17e ou du début du 18e siècle trône dans le choeur. Le décor pourrait avoir été réemployé sur une stalle du 19e siècle. Une croix de confrérie en bois du 18e siècle orne également la chapelle sud.

Peu d'autres pièces antérieures à la Révolution sont parvenues jusqu'à nous. L'essentiel du reste du mobilier concerne des pièces du 19e siècle, fabriqués en série et vendues chez des marchands de mobiliers religieux ou par catalogue commercial. Il s'agit notamment de l'orfèvrerie courante, des statues en plâtre de style dit saint-sulpicien ou du chemin de croix.

Le vitrail figurant la sainte Vierge est dédié à Hugues Dupuy, président du tribunal civil de Cahors et bienfaiteur de l'église, décédé au château de Montcléra le 3 août 1856. Les vitraux figurant saint Joseph et saint Paul sont signés Auguste Charlemagne, peintre-verrier à Toulouse, et datés 1870.