Depuis le 19e siècle, le site fortifié de Guillaynes a souvent été assimilé à un oppidum, mais sans fondement scientifique. Jean Ursule Devals a interprété la découverte de substructions, de tegulae et de poteries comme ceux d'une villa gallo-romaine mais cette interprétation a été invalidée notamment par Jules Momméja (cf. manuscrit de J. Momméja sur Guillaynes, vers 1916 in monographie de Monteils, J. Neveu, 1976).
Florent Hautefeuille émet l'hypothèse d'une occupation plutôt médiévale (Hautefeuille, 1998). En effet, la petite seigneurie de la famille de Monteils (attestée dès 1143) a pu s'établir sur le site fossoyé de Guillaynes près de la ferme ou sur la motte castrale connue sous le nom de refuge du Cuzoul du Géant, en bordure de la Lère, non loin du moulin du Cuzoul. Aucun sondage archéologique n'a jamais été pratiqué dans ces deux sites et "en l'absence de données archéologiques récentes, il est impossible de les dater et d'en établir la fonction précise" (Hautefeuille, 1998).
D'après Jules Momméja, à l'époque moderne, le site de Guillaynes appartient aux seigneurs de Monteils, les Peyrelade. Cette attribution n'a pu été vérifiée.
D'après le cadastre de 1766, le propriétaire, Pierre Sol (cf. ADTG, 3 E 653, folio 314) possède à cette époque, « maison four fourniol establous grange pigeonnier couderc sol et fumier, terres bois grezes, preds et bouigue au terroir de Boscaud appelé Guillaynes [ ] » et de nombreuses autres terres, prés, vignes, etc. dans d'autres lieux-dits de Monteils (Landes-hautes, Couaillou, Bascaud, Saisset, Landes-Basses, Augé, Las places, etc.).
Aux 18e et 19e siècles, Guillaynes est révélateur du système de polyculture-élevage en vigueur. Le plan par masse de cultures de 1807, nous révèle la présence de bois, de prés, de pâtures, de vignes, de terres labourables et d'un jardin potager autour de la ferme.
En 1829, le plan cadastral indique 3 bâtiments et un patus (parcelle A 128) : une maison (avec 4 ouvertures imposables) et deux bâtiments appartenant à Antoine Sol, cultivateur à Guillaynes. Le pigeonnier n'est pas mentionné dans les matrices mais il est vraisemblablement englobé dans les dépendances agricoles dites "sol". (cf. plan de 1829).
Le vaste bâtiment indiqué au nord sur le plan de 1829 (vraisemblablement l'ancienne grange) a disparu. La grange actuelle a été reconstruite au milieu du 19e siècle, en 1841 (cf. linteau avec l'inscription "JPS [Jean Pierre Sol], 1841)", quelques mètres à l'est de la précédente. En somme, les bâtiments les plus anciens aujourd'hui conservés sont la maison la plus au sud et le pigeonnier. Ils peuvent dater de la fin du 18e siècle.
La ferme reste dans la famille Sol pendant plusieurs générations. Durant la seconde moitié du 19e siècle, le propriétaire : Jean-Pierre Sol est aussi le maire de Monteils (de 1854 à 1880). A sa mort, la ferme devient la propriété de son fils, Jean-Baptiste Sol mais également, à partir de 1886, de Pierre Delteil (ADTG, matrices de 1835 et 1882). Dans les années 1880, les dénombrements de population indiquent que deux familles de cultivateurs vivent dans cette ferme.
A partir de 1888, L'ensemble appartient à Jules Momméja (1854-1928). Artiste et érudit, Jules Momméja nait à Caussade et consacre sa vie aux recherches archéologiques dans l'Agenais et en Quercy. De manière méthodique, il décrit et dessine son environnement dans des cahiers conservés dans le fonds Momméja-Villeneuve des archives départementales de Tarn-et-Garonne (cf. Johan Bories, 2023). Jules Momméja archive également le patrimoine ethnologique et folklorique de ses terres natales.
Propriétaire terrien, Jules Momméja vit dans la propriété de Guillaynes avec sa femme, Lucie Bongrat et leurs deux enfants, Jeanne (1885) et Edouard (1888) jusqu'en 1898, date à laquelle il nommé conservateur du musée d'Agen. Les familles Momméja et Lamonteye (métayers de Jules Momméja) habitent la ferme durant plusieurs années (cf. recensements de population). A partir de 1898, Jules Momméja quitte Guillaynes mais reste propriétaire de la ferme dans laquelle il revient régulièrement. Désormais, seule la famille Lamonteye habite et cultive les terres alentours, en métayage. En 1906, Edouard, le fils de Jules Momméja meurt à l'âge de 18 ans.
En 1908, Jeanne Momméja (fille de Jules Momméja), épouse Maurice Villeneuve, médecin à Moissac. Ils ont deux enfants, Jean (1909) et Marthe (1912). Les vues anciennes prises par les familles Momméja-Villeneuve montrent les travaux des champs devant la grange en 1916 (charrette tirée par des bœufs, meule de foin dans le pré, etc.). Précieux témoignage de la vie d’antan dans les fermes, ces photos montrent aussi Jules Momméja, sa femme (Lucie Bongrat), leur fille (Jeanne) et leurs métayers à Guillaynes.
En 1930, Maurice Villeneuve devient propriétaire de la ferme de Guillaynes (matrices de 1911). Ce sont d'abord des métayers (famille Lacroix en 1946) qui habitent la ferme puis les Villeneuve jusque dans les années 1970. La ferme de Guillaynes a donc appartenu aux familles Momméja-Villeneuve pendant plus de 80 ans.
Vers 1970, la ferme est vendue et de nombreux travaux de restaurations sont engagés, notamment pour transformer la grange et le pigeonnier en habitation. La mare est creusée en 1975.
Artiste et érudit, Jules Momméja naît à Caussade en 1854 et consacre sa vie aux recherches archéologiques dans l'Agenais et en Quercy. Il s'intéresse aussi au patrimoine ethnologique et folklorique de ses terres natales. Membre assidu de la Société Archéologique de Tarn-et-Garonne dès 1872, il est nommé conservateur du musée d'Agen en 1898. Le fonds Momméja-Villeneuve des archives départementales de Tarn-et-Garonne (cf. Johan Bories, 2023) conserve plusieurs écrits, dessins et photographies.