Au cours des années 1920, le territoire fut doté d'un réseau aéronautique modernisé, organisé par le service de la navigation aérienne (le SNAé, créé en 1919), sous la direction du lieutenant-colonel Saconney qui donne son nom au plan d'aménagement du réseau qui vise l'équipement des grands itinéraires de l'aéronautique civile. Ces lignes interurbaines furent équipées de systèmes de sécurité pour la navigation des appareils de jour comme de nuit : des tours-phares ont été installées pour fournir des repères adaptés au mode de pilotage, largement fondé sur la vision humaine. Ces équipements, au nombre de 14 en 1928 passent à 116 en 1936. Ces phares du SNAé sont complétés par les infrastructures des compagnies, notamment de l'Aéropostale. C'est à l'occasion de l'ouverture de la bretelle Toulouse-Bordeaux en 1928 que 5 phares à éclats sont érigés à Canals (parfois c'est Grisolles qui est mentionné), Malause, Damazan (détruit en 1958), Marmande et Saint-Macaire. La ligne profitait en outre du phare d'Agen, mis en place par le SNAé. L’État racheta ces phares au pris coûtant.
Le phare de Canals dépendait de la station de Toulouse Francazals, et il fallait un délai de deux heures pour obtenir son allumage en 1938. Le phare était donc le premier jalon depuis Toulouse de la section Bordeaux-Toulouse qui suivait le canal latéral à la Garonne. Il prenait place entre les relais de Toulouse et de Malause ce dernier étant de même type que celui de Canals. D'après l'enquête menée sur les phares aéronautique, l'allumage était réalisé par une voisine. Le premier téléphone installé à Canals l'a été pour les besoins du phare.
Le phare de Canals est un phare à éclats, technique qui se caractérisait par des émissions très brèves et rapprochées d'une portée de 80 km. Il a été construit autour de 1928 et figure sur les plans aériens des années 1930, notamment la carte du guide Michelin de 1935. La vue aérienne de 1947 (remonterletemps.ign.fr) montre qu'au moment de sa construction et encore en 1947, il était implanté dans une zone agricole ; il a depuis été rattrapé par l'urbanisation.
Après la guerre, le phare de Canals est remis en service à l'automne 1946 (Aviation française, 02 octobre 1946).
La partie optique qui reposait sur la plateforme métallique a disparu.
Le poste de transformation électrique associé au phare a reçu en 2021 un décor peint par le graffeur Julien Avignon qui évoque l'aéropostale.
