Petite bourgade franche créée pour assurer le défrichement et la mise en valeur des terres de la montagne, la sauveté d'Arfons semble voir le jour au cours du 12e siècle. Elle est fondée conjointement par les Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem et les seigneurs de Dourgne (Cazals, 1992). Aucun vestige ne semble subsister de cette époque. Il est donc difficile de mesurer quelle influence a eu l'installation des Hospitaliers sur la constitution du bourg actuel. La tradition orale veut que l'établissement des Hospitaliers se soit tenu entre l'église paroissiale et la « maison Trilhe » (31 rue de l'Église). C'est peut être à travers la toponymie que les Hospitaliers ont laissé le plus de traces. Le nom du hameau des Escudiès (les écuyers) pourrait remonter à l'occupation des Hospitaliers. De même, le vocable de l'église paroissiale Saint-Jean est à mettre directement en relation avec le saint patron des moines soldats. Selon les historiens d'Arfons, les vestiges d'une tour de type donjon médiéval étaient encore visibles au 19e siècle, à l'ouest du village, sur une éminence au lieu-dit la Tour (Durand-Gorry, 1971 ; de Trigon, 1976). Or, ni la carte de Cassini, ni le cadastre de 1833 ne mentionnent un tel toponyme. Les cartes anciennes comportent en revanche le toponyme du Fort, qui existe encore, situé à quelques centaines de mètres au sud du village, au dessus du Sor. Depuis le 16e siècle au moins, la vie de la communauté villageoise était gérée par un consulat commun avec celui de Dourgne. Un seul consul aux attributions financières, administratives et judiciaires était désigné chaque année pour la communauté d'Arfons (Durand-Gorry, 1971). Ce n'est qu'à la veille de la Révolution que les habitants d'Arfons requièrent leur indépendance vis-à-vis de Dourgne. A ce moment, le consul d'Arfons est appelé maire perpétuel, c'est-à-dire qu'il est nommé à vie. La localisation de la maison commune est connue par un plan terrier de la seconde moitié du 18e siècle ; elle était située le long de la rue de l'Eglise, en face du cimetière.