La chapelle Saint-Jean était le lieu de rassemblement des fidèles de Seners, village situé à 2kms au sud-ouest du d'Estoher, totalement abandonné depuis la fin du 14e siècle. A l'origine probablement un domaine d'époque franque (comme la commune d'Estoher), une villa Sanaria est citée en 958 et une villa Senari en 1011. Seners constituait une seigneurie ecclésiastique qui devint propriété du sacristain du prieuré de chanoines Augustins fondé en 1097 par les Comtes de Cerdagne à Cornella de Conflent. Cette chapelle est mentionnée en 1204 dans un document où Pierre de Domanova reconnaît tenir en fief pour Guillaume de Castelnou les églises de Ropidera et de Seners. En 1408, elle porte le titre de "parrochia S. Joanis de Seners", une petite localité comptant 13 feux en 1358 puis 6 en 1385, avant de disparaître. La chapelle actuelle date du 12ème siècle.
Elle a été décrite dans le pré-inventaire de 1976 : elle comportait alors encore une tribune du 16e siècle, avec des extrémités de poutres sculptées, qui a été enlevée lors de la restauration de l'édifice en 1984. L'ensemble de son mobilier ancien a été transféré à l'église Saint-Etienne d'Estoher avant les travaux de 1984. Ces travaux, initiés par le maire de la commune, M. Figa, ont d'abord porté sur le dégagement de l'édifice, alors envahi par la végétation et l'aménagement d'un chemin d'accès, grâce à l'intervention bénévole de plusieurs habitants de la commune. La rénovation proprement dite, réalisée par l'entreprise de bâtiments et travaux publics Amiel de Prades, a permis de :
- refaire la toiture en lauzes après démolition de l'ancienne en lauzes et tuiles,
- refaire la chape de la voûte,
- surélever les rampants sur toiture,
- maçonner et terminer les piliers du clocher en pointe de diamant,
- nettoyer les joints,
-rejointoyer.
Le financement des travaux, d'un montant total de 131 046 francs, a été assuré conjointement par le conseil général, le ministère de la Culture, la Sauvegarde de l'Art français et la commune. Un pèlerinage avait lieu à cette chapelle à des dates différentes selon les époques : le lundi de Pâques selon la visite pastorale de 1912, le 29 août selon celle de 1923 et le 24 juin, jour de la saint Jean-Baptiste, selon les sources de Roland Serres. Abandonné dans la 2e moitié du 20e siècle, en raison de l'abandon de l'édifice, cette coutume a été reprise le 24 juin 1983. Un pèlerinage y a toujours actuellement lieu chaque année les 24 juin et 29 août.
