La Pharmacie du Canigou se situe sur l’avenue de Burnay, ancienne avenue des Bains. A l’origine, ce bâtiment était l’Hôtel du Canigou. L’Hôtel du Canigou est mentionné dans le cahier des charges de saisie de l’établissement thermal en 1882. Il est décrit comme étant composé d’un rez-de-chaussée et de deux étages. Le pâtissier Bazan y est installé, probablement dans la boutique du rez-de-chaussée, et des employés de l’établissement et diverses personnes y sont logées. Il est établi que ce bâtiment existait en 1882 et qu’il était fonctionnel. Il faisait partie de l'établissement thermal de Vernet-les-Bains jusqu'en 1893 où il apparait dans les matrices de propriétés bâties comme étant vendu à Dominique Fournols. Il change de propriétaire successivement jusqu'aux inondations de 1940.
Lors de l’aiguat, le bâtiment est emporté par les eaux du Cady. Une carte postale ancienne montre les dégâts causés par cette catastrophe. Le bâtiment a été reconstruit et abrite aujourd'hui une pharmacie au rez-de-chaussée.