L’église de Galan est le vestige d’un ancien monastère bénédictin devenu prieuré de l’abbaye Saint-Tibéry d’Agde. La date de fondation n’est pas connue mais le vocable Saint-Julien se retrouve pour des églises du haut Moyen-Âge. La découverte d'un sarcophage trapézoïdal à proximité de l'église (déposé de nos jours derrière la montjoie du quartier Lamarque) irait dans le sens d'une datation haute.

Pour Galan, les premières mentions de l’abbaye remonteraient au 12e siècle. L’église et de ses alentours conservent les traces de fortifications qui ont pu occuper un site antérieur au Moyen-Âge. L’édifice occupe le bord d’une plateforme d’environ soixante mètres de côté dominant les rues alentour qui ont remplacé des fossés. L’abbaye comprenait divers bâtiments : réfectoire, dortoir, greniers, cloître ? Autour de cette enceinte, un petit bourg abbatial existait au 13e siècle. Dans les années 1310, les moines s’associent au pouvoir royal pour structurer l’habitat sous la forme d’une bastide avec enceinte, place et halle.

Les habitants disposaient aussi d’une autre église, paroissiale, située au quartier Caseneuve. Devenue grange, elle existait encore dans les années 1960 mais a aujourd’hui disparu. Le statut du prieuré évolue à partir de 1430. À cette date, l’abbé – le cardinal Pierre de Foix – ne réside plus sur place, il perçoit les revenus mais ne les redistribue pas à Galan. Le prieuré est finalement supprimé ; au 17e siècle, il devient le centre de la paroisse qui est aussi le siège d’un archiprêtré, ses revenus sont affectés au collège de Foix, fondé à Toulouse par ce cardinal.

Aux 13e et 14e siècles, le prieuré de Galan est un établissement prospère. Les parties basses des collatéraux de la nef, du chœur et le clocher peuvent remonter au 14e siècle. A cette époque, l'église comportait à l'ouest le massif clocher-mur conservé, évoquant les campaniles des églises de Bagnères-de-Bigorre ou Pouzac, percé de deux portes et deux larges baies campanaires. A la suite venait une nef basse dont la largeur a été maintenue, précédant un chevet bas à cinq pans percé de quatre ouvertures murées de nos jours du fait des modifications postérieure de l'édifice. Une sacristie est établie du côté nord du chœur.

L’église a connu une grande campagne de travaux dans les années 1540 avec exhaussement des murs, percements de baies à remplages et réalisation de voûtes à croisées d'ogives portant sur de larges piliers ronds dans la nef. Dans le chœur, ce voûtement est plus complexes et repose sur des consoles traitées dans le style de la Renaissance. Les travaux débutent par un acte passé devant Me Clausade, notaire de Toulouse, le 11 août 1540. Par ce traité, Raymond Laffargue, maçon de Rieumes, Jean et Guillaume de Lescale (ou Escale), maîtres maçons de Toulouse, prennent le chantier qui doit durer deux ans et deux mois et être payé 3 600 livres. La construction connaît des embûches qui retardent son achèvement, effectif en 1549. Des décors peints viennent achever la décoration et compléter des peintures antérieures dont certains éléments demeurent.

En 1569, durant les guerres de Religion, l'édifice subit des dommages, de même qu'en 1640. Un mobilier d’époque baroque a été placé aux 17e et 18e siècles. Un campagne de travaux et d'ameublement a lieu dans les années 1740 suite à la visite de l'archevêque d'Auch. Il en reste en place le mobilier du chœur et des élément dispersés dans l'église.

Au 19e siècle le clocher est restauré (contrefort sud) et l'église est dotée d'une nouvelle tribune accessible par un escalier tournant en bois, établie au revers de l'élévation ouest (1834-1836, dates portées sur la base du clocher et la colonne soutenant la tribune). Par la suite, intérieurement, des décors peints en faux-appareil sont réalisés et les baies reçoivent de nouvelles verrières de l'atelier Gesta. Une sacristie est projetée côté sud par l'architecte Artigala en 1842 ; le linteau de sa baie est porte la date 1871. Cet architecte prévoit aussi la réfection des charpentes et couvertures de l'église. Mais le chantier le plus important au 19e siècle concerne les parements extérieurs et surtout les parties hautes du clocher. La charpente de ce dernier est restaurée en 1818 par Joseph Galan, charpentier de Lannemezan. En mars 1869, le clocher reçoit la foudre ce qui occasionne d'importants dégâts. Plusieurs projets vont être étudiés pour la reconstruction des parties hautes. Dans un premier temps, Louis Castet, maître charpentier de la commune, est sollicité pour un rétablissement à l'identique selon les préconisation d'Hyppolyte Durand, architecte diocésain. Un autre dessin, fait par F. Wallard, Conducteur des Pont et Chaussées, propose une chambre des cloches reconstruite et pierre surmontée d'une charpente à trois flèches, comme la précédente. Malade, il est remplacé en 1872 par l'architecte départemental Félicien Larrieu. Ce dernier dessine un clocher néogothique surmonté d'une haute flèche, encadré par deux clochetons. Le chantier débute mais l'entrepreneur Dominique Baron demande à être relevé. Simon Lassalle et Jean Balix, entrepreneurs tarbais, lui succèdent et doivent faire face à la difficulté d'approvisionnement en pierre de taille. Le projet est modifié par le changement de couverture des clochetons, faite en pierre de taille et non en ardoise, et un exhaussement de cinq mètres de la flèche en charpente. La couverture de la nef est aussi reprise et la réception définitive du clocher a lieu en 1877 pour un montant de près de 30 000 francs. La chambre des cloches, affaissée vers l'est, est redressée grâce à des vérins au cours des années 1940.

En 1898, la grande porte à deux vantaux située à la bases du clocher est refaite. Un plaque de fer qui y est fixée porte l'inscription : Fait par Alexandre Escudé et fils a Castelnau-Mag[no]ac 1898".

L’église a été inscrite Monument historique en 1944. Au cours des décennies 1990 et 2000, des restaurations ont lieu : restauration des parements extérieurs et des élévations du clocher (entreprise Gil, de Lourdes). Intérieurement, il est décidé la réfection du sol et la suppression des décors peints récents (entreprise Larrieu, de Lannemezan). Cette opération a permis la mise au jour de peintures plus anciennes dans le collatéral nord. La tribune est également renforcée. En 2024, le croix et le coq du clocher, tordus, ont été déposés pour restauration (Atelier du Temps, d'Azereix).