Les parties les plus anciennes de l'église sont le clocher et le choeur, datables du 17e siècle. Au début du 17e siècle, l'église était le siège d'une confrérie de la Nativité de Notre-Dame, qui fut réunie à la nouvelle confrérie du Très Saint Sacrement érigée le 30 novembre 1637 par le missionnaire jésuite Jean Fourcaud. En 1899, l'église doit être fermée car la nef menace de s'effondrer. L'architecte toulousain Colomiès, chargé des travaux, établit 3 fausses-voûtes en berceau plein-cintre soutenues par des colonnes en bois. En même temps, de nouvelles baies, plus larges et plus nombreuses, sont percées dans les murs de la nef.