Au milieu du 16e siècle, la Réforme prend de l'ampleur en Cévennes. L'église réformée de Saint-Etienne est dressée en 1560. Le plus ancien registre d'état civil tenu par le pasteur de Saint-Etienne date de 1579. Un premier temple est construit, probablement dans le quartier des Bourgades, dans la 2e moitié du 16e siècle mais il est détruit après la révocation de l'édit de Nantes en 1685.
Le temple actuel est construit en 1843, dans la vague des reconstructions d'édifices protestants débutée en 1802. Les fonds proviennent de fidèles et du Ministère des Cultes.
Le bâtiment se situe à l’extérieur du centre-bourg, au bout de la rue de la Fontaine de Bourret. Au moment de sa construction, il a fallu trouver un terrain libre pouvant accueillir cet édifice dans le centre de Saint-Etienne qui était assez catholique. C’est Jean Antoine Daunis, un épicier, qui a finalement cédé le terrain.