Le domaine de Marquayrol, appelé aussi parfois château, semble apparaître dans les sources à partir du milieu du 18e siècle (actes de décès et de mariage).
Pourtant, la maison serait plus ancienne car elle conserve une porte chanfreinée avec congés qui pourrait remonter au 17e siècle.
Le lieu appartenait à Antoine Benoit Combes, avocat au parlement de Toulouse, né aux Junies en 1691 et décédé à Marquayrol en 1775. Cet avocat, en possession du domaine au milieu du 18e siècle, serait à l'instigation de l'agrandissement de la maison. Ces travaux concernent la partie nord de la maison, à savoir un cellier voûté surmonté d'une terrasse avec balustrade. La date de 1755 est portée sur le linteau de la porte charretière du cellier.
Son fils, Antoine Martin Combes, également avocat au Parlement, fait don du domaine à son filleul et neveu Antoine Pujol lors du mariage de ce dernier en 1783. Par le jeu des successions, Marquayrol est resté dans la famille jusqu'à son rachat en 1900 par le peintre impressionniste Henri Martin (acte d'acquisition du 25 janvier 1900).
La présence d'Henri Martin est rappelée par son jardin qui servit de modèle pour plusieurs de ses peintures. Lorsque ce dernier résidait à Marquayrol, il pratiquait sa peinture dans son atelier construit à cet effet, situé à quelques dizaines de mètres à l'ouest de la maison. Non loin de là, il reconstitue un pigeonnier sur pilier selon des modèles de pigeonniers d'époque moderne. Presque entièrement détruit, il ne reste aujourd'hui que les piliers. L'artiste fait également ajouter, en face de la maison, une maison de métayer, de provenance inconnue, qu'il aurait fait reconstruire pierre par pierre à Marquayrol. Henri Martin fait ajouter trois portails en fer forgé réalisés par Raymond Subes.
Enfin, les deux granges qui figurent sur le plan cadastral de 1830 ont malheureusement disparu.
Chercheur en inventaire du patrimoine pour le Département du Lot depuis 2019.