La disparition des archives de l'abbaye, qui est la cause du peu dont nous disposons sur l'histoire du monastère au cours du Moyen Age, nous a plus encore privés d'informations sur le bourg, sa formation et ses habitants.
Le bourg existait avant la guerre de Cent ans : en 1233, l'abbé et la "ville" de Marcilhac se joignent à la confédération mise sur pied pour lutter contre les routiers (E. Albe, 1915, mais la mention manque dans Christofle Justel, Histoire généalogique de la Maison de Turenne, Paris, 1645, Preuves, p. 43, où le texte est publié). La « ville » et son hôpital sont mentionnés en 1402 (E. Albe, 1901, p. 120, 123), malgré les dommages qui ont inévitablement accompagné le pillage de l'abbaye en 1368, et alors que Marcilhac, comme de nombreux autres lieux du Quercy, est réputé ruiné et abandonné de ses habitants en 1389. La communauté, qui est représentée par deux jurats en 1497, bénéficie alors de "coutumes, franchises et privilèges" depuis un temps indéterminé mais déjà ancien (deux, trois générations ?) puisque l'abbé s'engage à les respecter comme "ses prédécesseurs" (J. Lartigaut, 1978).
L'abbaye est à nouveau attaquée en 1569, ses bâtiments incendiés et ruinés : l'abbé fait réaliser des travaux de fortification en 1573, et y tient trente arquebusiers afin de se protéger des protestants (E. Cabié, 1906). Il est rappelé en 1691 que l'enclos abbatial sert de refuge aux habitants, qui y ont peut-être construit des maisons et dont ils assurent la garde comme celle « des murailles du bourg » (J.-.R Marboutin, 1937, p. 137-138).
En 1594, il est fait état de maisonnettes à demi-détruites que l'abbé Jacques Christophe Hébrard de Saint-Sulpice avait acheté dans le bourg pour l'utilité du monastère, ainsi que des petits jardins ou vergers au coin du cimetière public (E. Albe, 1901, p. 118). On sait enfin qu'il y avait une église paroissiale dédiée à saint Jean, qui se trouvait au 18e siècle au centre des maisons des moines entourant l'église abbatiale (E. Albe, 1901, p. 127).
L'enquête sur l'architecture civile médiévale réalisée en 2007, à partir de l'espace public, a bien permis d'identifier quelques vestiges probablement antérieurs à 1400, mais peu caractérisés, et seulement dans l'enceinte du monastère où il s'agit probablement de ceux de bâtiments conventuels. Quant aux maisons construites hors de l'enceinte, elles ne conservent que trois ou quatre maigres témoins des 15e et 16e siècles, dont trois situés dans le principal quartier du bourg, éventré au 19e siècle pour faire passer la route départementale.
Eléments repérés des 13e-14e siècles : Maison (parc. 2020 AV 161), élévation nord, porte à seuil surélevé et embrasure extérieure couvert d'un linteau en bois sur piédroits à arêtes vives, et poutres sciées d'un pan de bois disparu à l'étage avec tête de mur appareillée à droite ; maison (parc. 2020 AV 184), élévation nord, porte à linteau en bois chanfreiné sur piédroits à arêtes vives au rez-de-chaussée (rebâti ?), à l'étage tête de mur appareillée (à droite) ; maison (parc. 2020 AV 165), élévation nord, chapiteau à feuilles d'eau en remploi.
Eléments repérés des 15e-16e siècles : maison (parc. 2020 AV 176), élévation est, croisée à cavet (trumeau et traverse disparus) à l'étage ; maison (parc. 2020 AV 178), élévation ouest (restaurée), deux portes à linteau orné d'une accolade, porte haute à arc plein-cintre chanfreinée, fenêtre (croisée ?) à cavet au premier étage, croisée à cavet au second, élévation est petite fenêtre couverte d'un linteau à soffite surhaussé et angles arrondis ; maison (parc. 2020 AV 165), élévation est, deux petites fenêtres couvertes d'un linteau à soffite surhaussé et angles arrondis ; maison (parc. 2020 AV 165), élévation est, linteau en bois à accolade en remploi.
Faubourgs : Faubourgs. Maison (parc. 2020 AV 149), élévation ouest porte à encadrement mouluré, soffite surhaussé (en remploi ?) ; maison (parc. 2020 AV 59), élévation nord, tête de mur appareillée (15e siècle ?) ; maison (parc. 2020 AV 58), élévation nord, porte à arc en plein-cintre à large chanfrein ; maison (parc. 2020 AV 51), élévation ouest, porte à piédroits chanfreinés et linteau en bois (15e siècle ?), élévation sud petit jour chanfreiné.