Le lieu de Pechrigal apparaît dans la documentation en 1354. En 1368, le repaire appartient à noble Pierre de Casatou (ou Cazeton), coseigneur de Gourdon et seigneur de Saint-Clair. Après cette date, l'histoire de Pechrigal devient confuse. En 1396, Fortanier de Casatou vend la seigneurie de Saint-Clair en se réservant toutefois la métairie de Pechrigal avec toute la justice. En 1397, une certaine Bertrande Ithier, veuve de Pierre-Jean de Cazeton, lègue le domaine de Pechrigal à son mari Hugues de Lopdat, mais en 1460, Marguerite de Casatou, veuve de Raymond Bernard de Durfort, et leur fils Antoine de Durfort, seigneur de Boissières, vendent le repaire avec toutes justices, la forteresse avec ses tours, maisons, basse-cour, jardins et autres édifices à Géraud de Laval, en se réservant toutefois dix sols d'acapte. Inexplicablement, en 1495, le même Antoine de Durfort dispose encore de Pechrigal et en fait don à son fils Arnaud. Le repaire passe ensuite, en 1515, à Michel de Peyronencq, puis il est vendu en 1573 à Guillaume Séguy, bourgeois de Gourdon. En 1590, il est pris d'assaut par le capitaine Panelot qui y capture Jean de Séguy. En 1648, Jacques de Séguy achète les droits d'acapte et autres droits, possédant désormais l'entière seigneurie de Pechrigal, qui passe par alliance au siècle suivant aux Lagrange-Gourdon.£Le château a été amplement restauré au 20e siècle. L'aile nord paraît conserver des vestiges du repaire mentionné au 14e siècle, et le pavillon sud-est des parties antérieures aux aménagements du 16e siècle, auquel le château doit probablement l'essentiel de ses dispositions.