La paroisse de Montcléra, où ne réside aucun noble, est détachée de la seigneurie de Cazals en 1334 au profit d'Arnaud de Commarque, écuyer de Jean XXII puis huissier de Clément VI, auquel le duc de Normandie donne toute la justice jusqu'à vingt livres, puis lui accorde en 1342 que Montcléra restera toujours dans la mouvance royale (J. Lartigaut, 1986). En 1368, la nouvelle seigneurie est passée par héritage à Amalvin de Commarque, identifié comme Almavin de Gironde en 1391. Elle subit les ravages de la guerre de Cent ans et n'est réoccupée par les Gironde qu'à partir de 1446. En 1504, c'est noble Jean de Gironde qui est seigneur de Montcléra lors du dénombrement dans lequel est mentionné le château (L. d'Alauzier, 1985). François de Gironde teste en 1610, faisant de son fils Brandelis et de son petit-fils François ses héritiers universels à condition qu'ils portent les armes de Gironde et de Montcléra ; marié en 1605 à Louise de Gontaut-Biron, Brandelis, gentilhomme de la chambre du roi, voit la seigneurie de Montcléra et la vicomté de Lavaur érigées en marquisat par Louis XIII, en 1616 (P. Anselme, Du Fourny, 1733). Le château est resté aux Gironde jusqu'au 19e siècle.
Bien que la première mention connue du château soit de 1504, il serait nécessaire de vérifier par une étude de l'ensemble du site s'il a existé des constructions antérieures à la fin du 15e siècle. Par ses dispositions et ses quelques éléments de décor, le logis correspond bien à une construction des dernières décennies du 15e siècle. Le châtelet d'entrée présente de telles similitudes avec celui du château de Besse, en Périgord, que l'on a proposé de les attribuer au même maître d'oeuvre, et de le dater du début du 17e siècle. Les tours de l'enceinte pourraient appartenir à la même campagne de travaux.
