D'après un inventaire de 1632, l'hôpital Saint-Marc existait déjà en 1252, et il est en tout cas régulièrement mentionné dans les années 1290. Les consuls en étaient les patrons et nommaient le gouverneur ; en 1319, ils donnent une règle aux "dames" de l'hôpital. A la fin de la guerre de Cent ans, les religieuses du prieuré de la Vraie Croix, de l'ordre de Malte, dont le couvent avait été détruit, demandent à recevoir la direction de l'hôpital Saint-Marc où elles s'installent en 1447. En 1530, c'est une religieuse bénédictine, Marguerite de Bar, qui en devient administratrice. Elle fait faire des réparations aux bâtiments entre 1532 et 1537, faisant en particulier reconstruire la voûte de la chapelle où ses armes figurent à côté de celles de la ville de Martel. L'établissement continue à fonctionner comme hôpital.£Le changement de statut intervient à l'issue d'un long procès provoqué par les revendications d'une religieuse en rupture avec le couvent de l'Hôpital-Beaulieu, Françoise de Mirandol, qui obtient en 1683 de pouvoir prendre possession de Saint-Marc et d'y créer un monastère de Maltaises. Les bâtiments de l'ancien hôpital sont alors réaménagés. Un nouveau bâtiment est construit vers 1783.