Les colonnes engagées à dosseret de la nef sont pratiquement les seuls vestiges significatifs du premier état de l'édifice, qui peut dater de la seconde moitié du 12e siècle. La paroisse, désertée pendant la guerre de Cent ans, est repeuplée en 1457 au moyen d'un accensement collectif par le baron de Castelnau-Bretenoux (J. Lartigaut, op. cit.), et l'église est sans doute réparée, et en grande partie reconstruite, à la fin du 15e siècle. En 1518, Marie d'Arpajon, veuve de Jean Ebrard, demande à être enterrée dans l'église de Goudou, où devait être édifiée une chapelle qu'elle prend soin de décrire : dimensions, voûtes, verrière, porte vers l'extérieur, clôture de pierre et barres de fer à l'intérieur, statues en pierre (Piéta, saint Jean et sainte Marie-Madeleine) dorées et peintes (J. Lartigaut, op. cit.). Il s'agit probablement de la chapelle sud.
La sacristie a peut-être été ajoutée en 1835, date inscrite sur le linteau de la porte, entre les lettres MCY et FR. Un projet d'agrandissement, et de "restauration", non réalisé, est établi par l'architecte cadurcien V. Ficat en 1866 (V. Rousset, op. cit.). Les travaux qui seront effectivement réalisés, et dont l'architecte n'est pas connu, sont donc postérieurs à cette date : ils concernent la construction du clocher à l'ouest, et probablement celle de la chapelle nord ; quant à la chapelle sud, nous ne savons pas si elle a été ou non en partie reconstruite. Le vitrail du choeur, représentant la Décollation de saint Jean-Baptiste, est signé et daté : F. Chigot Limoges, G. Sebacq del. 1941.
Chercheur pour le Département du Lot de 2017 à 2025. Conservateur des antiquités et objets d'art du Lot depuis 2019.