L'abside de l'église du 19e siècle a été construite au-dessus des voûtes et sur les dernières assises du mur périphérique de la crypte romane, qui sont ainsi visibles à l'extérieur, comprenant encore la fenêtre axiale couverte en plein cintre. On accédait à l'origine à la crypte par deux escaliers, disposition destinée à faciliter la circulation des fidèles devant la confession de saint Namphaise. La crypte se compose de deux vaisseaux de deux travées voûtées d'arêtes, et d'une abside semi-circulaire couverte d'une voûte d'ogives à épaisses nervures carrées. Sur l'arc diagonal nord-est - sud-ouest viennent buter, sans clef, les branches de l'arc sud-est - nord-ouest et une cinquième nervure qui retombe sur la colonne orientale placée entre les deux vaisseaux de la nef ; les nervures sont tracées dans des plans distincts perceptibles à leur rencontre au sommet de la voûte et à la retombée des branches extérieures sur la banquette périphérique de l'abside.£La châsse-reliquaire de saint Namphaise, constituée de dalles de pierre en forme de tombeau, est placée entre l'autel et la fenêtre d'axe, surélévée de façon à permettre le passage des malades sous les reliques.