La première opération d'inventaire conduite dans le département a concerné le centre ancien de Cahors, de 1987 à 1998, puis les faubourgs jusqu'en 2003, la mission d'inventaire ayant ensuite été transférée à la Ville de Cahors (cf. Généralités d'aire étude communale, IA46000003).

Un repérage de type pré-inventaire réalisé en collaboration avec la DIREN entre 1995 et 2000 a permis de recenser 48 parcs et jardins répartis sur le territoire. Les plus remarquables font l'objet d'un dossier électronique. Par ailleurs, un recensement des œuvres appartenant à l'Etat (Fonds National d'Art Contemporain - F.N.A.C.), opéré entre 2002 et 2003 a établi une liste de 128 objets, principalement des tableaux, dans le département.

Une enquête d'inventaire préliminaire de l'architecture médiévale du Lot a été réalisée de 2005 à 2008, sous la maîtrise d'œuvre du Conseil général du Lot et la direction scientifique du Service régional de l'Inventaire, dans le cadre du protocole expérimental de décentralisation, puis dans le cadre d'une convention entre la Région et le Conseil général auquel a été confiée la mission de l'inventaire général du patrimoine culturel. Dans le même temps, une enquête thématique étudiant les peintures monumentales du département a recensé près de 136 œuvres de cette catégorie. Ce travail, poursuivi jusqu'en 2019 a permis de constituer un corpus de 1556 oeuvres dont la plupart sont en ligne et a permis la publication de 3 ouvrages sur cette thématique Archives de pierre. Les églises du Moyen Age dans le Lot, sous la direction de N. Bru, Silvana Editoriale, 320 p. (2011), Archives de pierre : Donjons et châteaux du Moyen Âge dans le Lot, sous la direction de G. Séraphin, Editions Midi-pyrénéennes, 383 p. (2014) et Archives de pierre : l'architecture civile du Moyen Âge dans le Lot, sous la direction de P. Garrigou-Granchamp, Editions de la Flandonnière, 382 p. (2023).

Une opération de pré-inventaire du patrimoine rural sur la commune de Figeac, mise en œuvre en 2007 et 2008, a permis de repérer 619 édifices. Elle a été suivie, entre 2008 et 2010, d'un recensement thématique des fermes sur le canton de Bretenoux, qui a établi une liste de 467 édifices.

L'enquête thématique liée au patrimoine industriel a permis d'étudier les sites d'extraction, de transformation et de cuisson de la terre en Bouriane (fours de potiers, briqueteries et tuileries sur les communautés de communes de Catus et Quercy Bouriane) : environ 14 dossiers électroniques sont disponibles.

Entre 2011 et 2016, l'inventaire du mobilier religieux des églises situées sur le chemin de Saint-Jacques-de-Compostelle (GR65) a été mené par Anaïs Couteau sous la direction de Nicolas Bru. Il a permis de recenser 552 objets. Depuis cette date, le récolement des objets mobiliers dans les églises du département est en cours, mené par Guillaume Bernard, qui a également finalisé le recensement des œuvres du 1% artistique est engagé dans le département en 2013. Sont ainsi répertoriés 38 oeuvres d'art issues de cette procédure.

En 2020, une enquête thématique sur la vallée du Lot, de Cahors à Capdenac démarrait pour étudier le patrimoine le long de la l'ancienne voie de chemin de fer. Elle a permis pour l'instant de rédiger 75 dossiers architecture et mobilier.