Résultant d'une fondation "ex nihilo", l'installation des frères de l'ordre du Temple à Trébaïx leur permet d'expérimenter un programme architectural répondant le mieux à leurs besoins. La maison religieuse est érigée à proximité d'une source, sur un tertre a priori naturel, de forme approximativement ovalaire, qui a été sinon aménagé du moins entretenu au fil du temps. De l'édifice ne subsiste qu'une grosse tour barlongue flanquée d'une tour d'escalier polygonale.

La domus était initialement constituée d'une tour et d'un corps de logis lié aujourd'hui détruit qui se développait au nord-est de la tour en direction du nord-ouest. La tour d'escalier polygonale hors-oeuvre conservée, éclairée par trois jours verticaux superposés, était placée à l'angle des deux corps de bâtiment mais ne desservait que la tour. La restitution proposée à partir de ce qui est aujourd'hui observable est donc très différent des dispositions figurées par le plan cadastral de 1812, où le corps de logis accolé à la tour, sans doute depuis longtemps disparu, est remplacé par deux ailes parallèles bordant une cour et probablement reliées par une galerie.

La tour, de plan rectangulaire, est conservée sur une hauteur d'environ 14 m et comptait initialement au moins deux voire trois niveaux. Elle est dépourvue de contreforts, mais un soubassement saillant de quelques assises est marqué par un léger glacis. Réalisé en pierre de taille de calcaire de moyen appareil, le premier état de la construction est très homogène.£On pénètre dans la tour par un portail aménagé dans l'élévation nord-ouest. Il est couvert par un arc brisé mouluré à archivolte, dont les deux tores retombent sur des chapiteaux à décor feuillagé. Le front extérieur des claveaux a reçu un décor sculpté supplémentaire, tellement altéré aujourd'hui qu'il n'est plus reconnaissable.£Le portail ouvre sur un rez-de-chaussée qui abrite la chapelle de la communauté religieuse. La nef mesure environ 8 m de longueur sur environ 6 m de largeur dans-oeuvre. Elle est divisée en deux travées barlongues couvertes de voûtes d'ogives qui culminent à une hauteur d'environ 6,50 m sous clef ; les nervures, à gorges et tore à listel, retombent sur un culot dans l'angle nord, au-dessus de la porte d'accès à l'escalier, et sur des colonnes engagées aux trois autres angles et des faisceaux de cinq colonnes au milieu des murs latéraux sud-ouest et nord-est, à bases prismatiques sur plinthe. Le culot est orné d'un personnage en buste, malheureusement très érodé, les chapiteaux portent des feuillages et une scène d'animaux fantastiques affrontés. La similitude de ce décor sculpté avec celui des chapiteaux du massif occidental de la cathédrale Saint-Etienne de Cahors conforte l'idée d'une construction de la tour de Trébaïx vers la fin du 13e siècle. Les deux clefs de voûte figurent un écu à la croix à huit pointes sur la première travée et saint Jean-Baptiste avec l'Agnus Dei dans la deuxième travée. La présence de ces deux motifs peut paraître étonnante, l'historiographie associant traditionnellement saint Jean-Baptiste ou la croix dite aujourd'hui "de Malte" à l'ordre des hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem. Or les recherches récentes ont montré que la représentation de la croix de l'ordre du Temple n'était pas réellement fixée et pouvait être pattée, et que certains lieux de culte templiers pouvaient être dédiés au Précurseur.

La diffusion de la lumière naturelle était assurée par deux petites baies en lancette ouvertes dans le mur sud-est et un oculus percé au sud-ouest. Un placard mural, couvert par un arc brisé, ménagé dans le mur nord-est permettait de ranger les objets du culte.£Une tribune était érigée contre le mur nord-ouest, du côté du portail. Sa structure en bois reposait sur des corbeaux moulurés d'un bandeau sur quart-de-rond. On y accédait en empruntant l'escalier en vis, par une porte aux montants chanfreinés couverte d'un arc brisé ; une seconde porte ouvrait également sur la tribune le logis. Le soin accordé au décor de cette dernière, tant sur les piédroits que sur l'arc brisé qui la couvre, démontre le caractère ostentatoire du premier étage du corps de logis qui s'apparentait sans doute aux aulae des résidences aristocratiques où s'exprime, dans l'architecture et son décor, le pouvoir de celui qui y réside.

L'accès au deuxième niveau de la tour a été repris à la fin du Moyen Age par les hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem lors d'une phase de recomposition au cours de laquelle le ou les niveaux supérieurs ont été subdivisés et ré-agencés. Des murs de refends ont été construits et de nouvelles fenêtres, à simple traverse ou à croisée, chacune munie d'une archère-canonnière dans l'allège, ont été percées. Néanmoins, un placard mural couvert par un arc brisé présent dans le mur nord-est, de même forme que celui de la chapelle, appartient à l'état de la fin du 13e siècle. L'absence de fenêtres antérieures à celles ouvertes à la fin du Moyen Age et l'unique accès à cet espace par l'escalier en vis pourrait laisser supposer qu'il ne s'agissait pas initialement d'un espace résidentiel mais peut-être, par exemple de la salle où étaient entreposées les archives de la communauté religieuse.

Du logis accolé au nord-est subsistent les arrachements des murs aux angles nord et sud de la tour, sans rupture des assises, et les traces conservées dans l'élévation nord-est, qui ne permettent pas d'en connaître l'emprise exacte mais indiquent que le bâtiment comportait un étage. Ses accès ne sont pas connus, hormis les deux portes qui le mettaient en communication avec la chapelle et sa tribune. La première est chanfreinée et à arc brisé, mais les longs claveaux formant sommiers la distinguent des autres portes conservées. Une série de corbeaux à mi-niveau correspond à un plancher ou tout au moins une galerie donnant accès à la porte haute ouvrant sur la tribune. Ce logis a sans doute été remanié à la fin du Moyen Age. En effet, une représentation de la commanderie réalisée durant l'Epoque moderne figure un logis qui ne correspond sans doute plus à son état initial. Il se développait en direction du nord-est et comportait trois niveaux dont un sous combles qui sont décrits dans une visite de la commanderie en 1613. Le premier niveau planchéié était accessible par une porte cintrée qui ouvrait sur une pièce dont la fonction est indéterminée. On accédait à l'étage par un escalier droit situé à l'extérieur de l'édifice, probablement contre son mur gouttereau nord-ouest. La pièce était divisée en trois espaces distincts au 17e siècle : une salle qui possédait une cheminée et plusieurs fenêtres, ainsi que deux chambres. Des greniers étaient aménagés sous les combles.

L'exemple de Trébaïx illustre ainsi le choix des frères de l'ordre du Temple d'adopter, pour certaines de leurs domus, un parti architectural castral comme cadre d'une vie monastique. Dès le XIIe siècle, de nombreuses tours templières méridionales abritaient un lieu de culte qui structurait et hiérarchisait leur topographie. L'établissement de Trébaïx éclaire, quant à lui, à la fin du 13e siècle, une évolution de ce principe en associant à la tour un logis participant d'un même programme architectural.