Un "moly de Cesser" est mentionné dès 1405 dans le livre d'estime de la commune de Cesseras, puis à nouveau en 1427 et en 1443 - il appartient à ces deux dernières dates à la famille Germa, originaire de Cesseras. S'agit-il déjà du moulin de la Coquille? L'observation du bâti actuel paraît effectivement confirmer une datation de la fin du Moyen Âge, bien que les maçonneries possiblement médiévales ne soient conservées qu'en soubassement du mur gouttereau est. Le moulin apparaît ensuite sous le nom de "moly de la cauquilha" dans le compoix de 1564. En 1640 et 1662, le moulin à blé appartient à Pierre Marcouire et sa contenance est de 10 cannes. Le moulin reste la propriété de la famille Marcouire jusqu'au 19e siècle. Ces derniers afferment le moulin d'abord par le biais de baux emphytéotiques d'une durée de 29 ans, puis d'arrentements d'une durée comprise entre un et six ans. Entre 1671 et 1705, les fermiers se succèdent à un rythme soutenu, ce qui semble indiquer une faible rentabilité pour ces derniers.
Le moulin n'est pas indiqué pas sur la carte de Cassini, dont la feuille de Carcassonne est éditée en 1777. On retrouve sa trace à l'extrême fin du XVIIIe siècle et au début du XIXe siècle dans plusieurs baux à ferme. Il est figuré en 1817 sur le cadastre napoléonien avec son béal, son réservoir et son canal de fuite. Les matrices cadastrales indiquent qu'il est encore possédé par la famille Marcouire. Le moulin est vendu en 1838 à Vidal, meunier de la commune. Il est gravement endommagé par une inondation en 1843 (ne reste alors que les quatre murs du moulin). La masure est vendue en 1847-1848 à Antoine Azam, menuisier, avec les terres qui l'entourent. La famille Azam, qui en est encore propriétaire à ce jour, a déposé la toiture en lauzes de schiste, en mauvais état, remplacées par des plaques en fibrociment. Elle continue d'entretenir régulièrement le lieu.
