L’existence de moulins à blé sur la rivière de Cesse, au lieu-dit Bégoule, est attestée depuisle 13e siècle. Une enquête de 1269, conservée dans des archives privées, révèle qu’il existe à cette date trois moulins (dont un détruit par une crue), chacun appartenant à une famille différente. Les meuniers qui y résident sont chargés de faire fonctionner les fours qui s'y trouvent, concurrençant par ce biais le four du seigneur.
Le compoix de 1461 mentionne à nouveau un moulin appartenant à Anthony Rieu "de Begoule" et ses neveux, au sein d’un ensemble comprenant une maison, une étable, un pailler et une petite bergerie. Ce même document témoigne de l’implantation de plusieurs autres moulins sur la Cesse à la même période : le moulin de Beaufort, le moulin de Franc-bouteilles ainsi qu’un moulin ruiné. Le moulin apparaît à nouveau sur le compoix de 1544 dans les biens d’"Anthony Riu del moly de Beguolla", toujours avec une maison, une étable, un pailler ainsi qu’une bergerie. Le même Anthony Riu est également propriétaire d’un moulin ruiné, probablement situé à proximité du premier.
Au 17e siècle, le moulin est équipé d’une paire de meule et appartient à Pierre de Tholoze (il est acheté par François Tholoze à Anthony Rieu probablement dès le XVe siècle). A la même époque un moulin nommé "Fabas" apparaît. S’agit-il de deux appellations désignant un même bien ou de deux équipements distincts ? Toujours est-il qu’en 1663, le moulin figure au compoix sous la double appellation "de Favas ou de Begoule". Il appartient à cette date à la famille Teisseire de Tourouzelle, fonctionne toujours à une meule et s’accompagne d’un fenil et d’une étable.
Le moulin passe au 18e siècle aux mains d’Antoine de Cabrol de Rieumajou, noble de Saint-Pons de Thomières, puis dans celles de Monsieur de Juin, seigneur de Siran. Ces deux propriétaires l’arrentent à la famille Espès, originaire de Grépiac (31), qui s’y établit à partir de 1700. Le moulin apparaît sur la carte de Cassini dans la seconde moitié du 18e siècle sous l’appellation Fabas, qui prévaut à partir de cette époque.
Jean Espès achète le moulin en 1784 moyennant le versement d’une rente annuelle de trente setiers de blé, 400 œufs, 4 paires de chapons et autant de canards. En 1808, le moulin est vendu à Jean Lignières, meunier au moulin des Fourneliers (commune de Cassagnoles). Ce dernier restaure le moulin et agrandit le logis attenant, dont le linteau porte la date de 1822 accompagnée des initiales "IL" ; il y installe son fils Matthieu Lignières. Vers 1848, le moulin est vendu à Julien de Jalbert, exproprié en 1854, puis Joseph Benoit en devient propriétaire sur adjudication du tribunal de Saint-Pons. Le moulin de Fabas cesse de fonctionner vers 1875.
Le bâtiment actuel, fortement remanié et agrandi au 19e siècle, ne semble pas pour ses parties les plus anciennes antérieur au 16e siècle. Il a été transformé en maison secondaire.