Dans le Dictionnaire topographique du Département de l’Hérault publié en 1865 figurent quelques mentions du hameau de Sénégra : Feudum de Senescalcra, 1153 (Livre noir, 240) et Senegra (cartes du dioc. de Béziers et de Cassini). Cet ouvrage est repris en 1983 par Franck Hamlin qui propose d’autres mentions de Sénégra dans les textes : Guillelmi de Senegra, 1199 (Pasquier p.61), mazage de Senegra, 1664 (minutes notariales, d.p M. Bechtel).
Le 13 octobre 1268, un Raymond de Sénégra est mentionné dans une vente de biens pour cause d'hérésie : « Raymundus de Sinegradu » (Pasquier p. 370). Le 2 décembre 1364, lors de l’élection des syndics de Boussagues sont énumérés les pouvoirs et attributions conférés aux syndics. Parmi ceux-ci, on note la volonté de repousser les prétentions de Pierre de Sénégra, coseigneur d’Avesnes (Pasquier p. 394). Au 16e siècle, une famille de Sénégra issue des d'Alichoux possède une partie du territoire de la commune. Déjà en 1500, on trouve des reconnaissances de nobles Jean de Cornusson, Agnès de Mafrède et Guillaume de Saint-Julien, de Boussagues, à noble Amans d’Alichoux, seigneur de Sénégra et de Boussagues. (Brunel p. 680).
Ainsi, si Sénégra est occupé sans doute dès l’époque médiévale, les sources font presque entièrement défaut sur son histoire. Les mentions de quelques personnages ayant pour patronyme le nom du hameau ainsi que les vestiges architecturaux observés sur le terrain permettent de supposer une datation.
L’élément le plus ancien du hameau est une fontaine que l’on peut dater des 14e et 15e siècles (IA34009081). Les vestiges du bâti ancien se retrouvent disséminés sur les façades des maisons, on trouve en effet des encadrements de portes ou de baies en quart de rond datables des environs de 1500. Une seule habitation est datée formellement, il s’agit d’une dépendance de la parcelle 167 qui porte la date de 1780. Cette dépendance comporte un remploi que l’on peut dater aux alentours de 1500. Il s’agit d’une fenêtre constituée d’un linteau échancré en accolade, les piédroits et l’appui sont chanfreinés. La comparaison entre le cadastre de 1826, où le bâti est plus nombreux, et l’observation sur le terrain ont permis de remarquer des vestiges intéressants sur la parcelle 212. Aujourd’hui, il ne reste que des ruines de ce qui semble avoir été une demeure importante, peut-être le logis de petits seigneurs locaux.
L’ensemble des parcelles bâties du hameau sont déjà présentes sur le cadastre de 1965, il y a eu donc très peu de nouvelles constructions depuis cette époque. Selon plusieurs sources orales, le hameau aurait été peu à peu déserté après la fermeture des mines de charbon dans les années 1990. La présence d’un lavoir en béton (parcelle 180) peut résulter d’aménagements publics pour pallier à l’arrivée tardive de l’eau. En effet, d’après une source orale, l’alimentation en eau et en électricité du hameau s’est faite tardivement, entre les années 1970 et 1990. Par ailleurs, la parcelle 169 possède une ancienne citerne qui fonctionnait à l’aide d’un système de récupération d’eau de toiture.
Dans son ensemble, Sénégra conserve des vestiges des 14e et 15e siècles, la majorité du bâti a cependant été érigée aux 18e et 19e siècles avec quelques remaniements durant le 20e siècle (parcelle 223).
Le hameau est aussi le lieu d’habitation d’un des personnages principaux du roman Les Courbezon, scènes de la vie cléricale (1861) de Ferdinand Fabre.
