L'histoire du territoire communal dans l'Antiquité est relativement bien connue grâce à plusieurs découvertes fortuites et aux prospections pédestres et aériennes menées dans les années 1990. Plusieurs sites antiques ont été identifiés, dont deux sanctuaires vers Saint-Paul-d’Augérac et vers la pile de Peyrelongue, deux villae gallo-romaines vers le Bousquet et Saint-Paul-d’Augérac, et d’autres édifices indéterminés.£Des vestiges mérovingiens ont aussi été découverts à Combis. Les premières mentions textuelles de Jegun remontent à la fin du 12e siècle. L’église paroissiale conserve les vestiges bâtis les plus anciens de la commune, avec la nef qui remonte à la première moitié du 13e siècle. Le bourg fortifié a été bâti à côté du pôle ecclésial préexistant vers la fin du 13e siècle. Jusqu’à la fin du Moyen Âge, le territoire de Jegun dépend directement du comté d’Armagnac. Il ne semble pas y avoir eu d’autre seigneurie importante sur le territoire communal, même si les châteaux de Lescout, Vivens, Pelat ou Puntis peuvent avoir été à la tête de petites seigneuries. La communauté de Jegun intégrait alors celle d’Antras, où se trouvaient les seigneuries d’Antras et du Pouy. Il y avait, à la fin du Moyen Âge, quatre paroisses sur le territoire de l’actuelle commune : Sainte-Candide de Jegun, Saint-Michel de Tremblade, Saint-Paul d’Augérac et Saint-Germain de Vesian (alors dénommée Pespiano). Les vestiges médiévaux se concentrent principalement dans la partie intramuros de Jegun. La partie rurale de la commune ayant été étudiée de manière partielle, il est probable que d’autres éléments médiévaux n’aient pas été repérés dans le cadre de cet inventaire préliminaire. Le 15e siècle est marqué par d'importants travaux dans le bourg, sur plusieurs maisons, mais aussi et surtout avec la reconstruction de l'église. La présence de faubourgs est incertaine pour la fin du Moyen Âge, hormis aux abords de l’église.£Jegun semble avoir particulièrement souffert des guerres de Religion. Les dates portées les plus anciennes repérées dans le bourg remontent au XVIIe siècle. La carte de Cassini permet de mieux appréhender le territoire de l’actuelle commune de Jegun au milieu du XVIIIe siècle. Le bourg est représenté comme fortifié. Il y a alors cinq paroisses sur le territoire communal, en plus de l’église paroissiale du bourg : Arpentian et Lézian, à l’ouest, Saint-Michel-de-Tremblade et Saint-Germain-de-Vespian au nord, et Saint-Paul-d’Augérac au sud. Le couvent de Notre-Dame-des-Rozes est aussi représenté sur la carte. Sept moulins sont représentés sur cette carte, trois à vent et quatre à eau. Enfin, le territoire de la commune de Jegun compte alors une soixantaine de maisons isolées et une quarantaine de hameaux sans église. Quelques édifices remontant au 18e siècle ont été observés, notamment dans le bourg. Les dates portées se concentrent principalement sur les années 1780.£Au cours de la seconde moitié du 19e siècle et la première moitié du 20e siècle, la commune connait un développement important qui se traduit dans l'architecture publique (église, mairie-halle, école, lavoir) et civile (nombreuses fermes et maisons), mais aussi du génie civil (voie ferrée). Ce développement est favorisé, au-delà des progrès techniques de l'agriculture, par l'ouverture de la voie de chemin de fer d'Auch à Castéra-Verduzan en 1905.£Depuis le milieu du 20e siècle, le paysage bâti de la commune a évolué, avec notamment la construction de nouveaux lotissements sur plusieurs zones de crêtes ou de coteaux (au nord et au sud du bourg et vers En Léjau).