La chapelle Saint-Fris est attestée à Bassoues depuis le 11e siècle. Il s'agissait alors d'un prieuré dépendant de l'abbaye de Pessan, passé dans les mains des archevêques d'Auch à la fin du 13e siècle. L'église est progressivement abandonnée au profit de celle édifiée dans la bastide qui devient paroissiale au début du 16e siècle.

Une importante campagne de reconstruction a du avoir lieu à la fin du 15e siècle et au début du 16e siècle comme en témoignent certains vestiges (collatéral sud et deux portails Renaissance ; Balagna).

L'église est partiellement détruite par les troupes de Montgomery vers 1570, puis reconstruite au 17e siècle. Sur le plan cadastral de 1813, seul est figuré le collatéral sud. Les éléments architecturaux antérieurs conservés en place indiquent que l'église, probablement ruinée, ne se limitait tout de même pas à cela à cette date.

Tout au long de la seconde moitié du 19e siècle, l'église est reconstruite et probablement agrémentée de la crypte et du sanctuaire haut.