Le lieu de Gaujac est mentionné dès le 12e siècle (Guinaudeau). Le village s'est formé à une date inconnue auprès d'une motte toujours visible, probablement dès le 12e siècle. En 1395, des coutumes sont octroyées aux habitants par le comte d'Astarac. Ces coutumes favorisent une extension du village par l'autorisation qui est donnée de construire des maisons dans les padouens, maisons qui jouiront des mêmes droits que dans le village (Bouissou).£Il ne subsiste aucun élément bâti médiéval dans le village. Celui-ci est aujourd'hui éclaté et le tracé même du village médiéval n'a pas pu être déterminé avec certitude.