Le premier village implanté sur le territoire de l'actuelle commune de l'Isle-Bouzon s'est installé vers le milieu du 11e siècle dans un méandre de l'Auroue, à Corné. Il a été abandonné, probablement suite à une inondation, vers 1250-1260. Il a fait l'objet de fouilles archéologiques par Jean-Michel Lassure dans les années 1990. Au milieu du 13e siècle, la population se déplace et s'installe environ 400 m plus au nord, sur le rebord du plateau calcaire dominant la vallée de l'Auroue. Le castelnau est alors fondé et loti probablement assez vite. En effet, la charte de coutumes de 1266 fait état d'une communauté déjà bien organisée et de la présence d'un portier impliquant nécessairement l'existence d'une enceinte fortifiée. Il semble qu'à partir du 16e siècle le castelnau se dépeuple peu à peu au profit de hameaux en cours de formation dans le terroir environnant comme à Naudin. Dans le village subsistent des vestiges de l'enceinte fortifiée du milieu du 13e siècle remaniée au 16e siècle, ainsi que du château médiéval. Quelques maisons présentent des éléments architecturaux attribuables à la fin du Moyen Age ou au début de l'Epoque moderne (têtes de murs maçonnées témoignant de pans-de-bois disparus, ouvertures). L'église a été construite au cours de la première moitié du 16e siècle.