Le bourg de Saint-Puy apparaît dans la documentation écrite au 13e siècle bien qu'il existe très probablement antérieurement. Saint-Puy était la capitale du comté de Gaure jusqu'à la fondation de la bastide de Fleurance en 1274. Vers 1272, le bourg de Saint-Puy a été assiégé et dévasté par le comte d'Armagnac qui souhaitait soumettre le comte de Gaure, Géraud de Cazaubon à l'autorité anglaise. Suite à ce sac, le roi de France participe activement à la reconstruction du bourg. En 1287, le bourg de Saint-Puy est cédé à Edouard Ier, roi d'Angleterre. Ce dernier élargit les coutumes de Fleurance au bourg de Saint-Puy deux ans plus tard. Tout au long du 14e et pendant la première moitié du 15e siècle, Saint-Puy est passé alternativement de la mouvance anglaise à la mouvance française et réciproquement. Il faut attendre le règne d'Henri IV pour que la terre de Saint-Puy soit définitivement rattachée au domaine royal français.£La partie sud-ouest de l'agglomération, autour de l'église, s'est probablement mise en place au 12e siècle. Peu de temps après s'est constitué le castelnau à proximité du château des comtes de Gaure. La partie centrale de l'agglomération, est un quartier neuf au plan orthogonal mis en place à la fin du 13e siècle. Il n'est pas possible de déterminer si cela a eu lieu avant ou après la prise de la ville vers 1272. La fortification de l'agglomération, conservée de manière très lacunaire, a très certainement été élevée peu de temps après la création de ce quartier neuf. Après la fin du 13e siècle, il faut attendre le 19e siècle pour voir le bourg s'étendre hors de ses murailles.£L'église conserve quelques éléments architecturaux romans. Elle a été remaniée à l'époque gothique, mais aussi et surtout au 19e siècle. Le château ne conserve que de rares éléments médiévaux, il a été pour l'essentiel reconstruit au 18e siècle. La halle remonte à la fin du 19e siècle ou au début du 20e siècle. Sa structure métallique est très bien conservée et est suffisamment rare pour la région pour être soulignée. L'architecture civile ne conserve que très peu d'éléments attribuables à la fin du 15e ou au début du 16e siècle : quelques têtes de murs maçonnées, une maison à pan-de-bois (dont les élévations sont couvertes d'enduit) et deux ouvertures à arc brisé très remaniées. La plupart des bâtiments visibles ont été reconstruits aux 18e et 19e siècle quand ce ne sont pas les transformations du 20e siècles qui les ont défigurés.