L'église était le sanctuaire principal du monastère bénédictin Saint-Michel de Pessan jusqu'à la Révolution. A partir de cette date, l'église devient exclusivement paroissiale. Le patron de la paroisse est saint Lizier.£Le monastère Saint-Michel de Pessan était l'un des plus anciens du Gers. Il est mentionné au concile d'Aix-la-Chapelle en 817 parmi les monastères ruinés de la Gascogne. Au 11e siècle, le monastère aurait été donné à l'abbaye de Simorre par le comte d'Astarac, Guillaume Ier, avec la charge de le restaurer. D'après la bibliographie, cela n'aurait pas été réalisé. Certains pans de murs du transept et de la nef, bâtis en petit appareil, peuvent remonter à cette période.£Les deux baies en plein cintre, à ressauts et à tores épais, percées dans les murs orientaux des bras du transept pourraient dater de la fin du 12e siècle ou du début du 13e siècle. Elles sont aujourd'hui obturées et accueillent des statues. Les décors en billette des chapiteaux de la croisée du transept semblent contemporains de ces fenêtres.£En 1250, l'église a été partiellement détruite par un incendie. La reconstruction fut rapide. La nouvelle église fut consacrée en 1252 par l'archevêque d'Auch, Hyspan de Massas. Une grande partie de l'édifice actuel date de cette reconstruction. Il s'agit dans un premier temps de l'abside, probablement dès 1252, au moment de la nouvelle consécration du sanctuaire. L'essentiel du reste de l'édifice pourrait dater de la seconde moitié du 13e siècle : le transept, une partie des murs de la nef, la tour assise sur le bras nord du transept, la tour d'escalier au sud. L'escalier en vis permettait probablement d'accéder à des tribunes aujourd'hui disparues, ou peut-être jamais construites. Les départs d'arcs visibles à la croisée du transept témoignent du projet de voûtement de l'ensemble de l'édifice sur croisées d'ogives à la fin du 13e siècle ou au début du 14e siècle, projet non réalisé. Le grand arc visible à l'extérieur de l'édifice, sur le mur occidental de la croisée du transept, témoigne du projet de construction d'une nef beaucoup plus haute que l'actuelle, projet lui aussi non réalisé, et en lien probablement avec le précédent.£La porte qui permet l'accès aux niveaux supérieurs de la tour semble avoir été percée au 15e siècle. Aucun élément concernant l'accès antérieur n'a pu être observé.£Le monastère a été sécularisé en 1748, et le collège de moines alors remplacé par un collège de chanoines. Au fil des siècles, le nombre de moines a oscillé entre 10 et 14 selon les périodes.£L'abbaye a été vendue comme bien national à la Révolution. Tous les bâtiments conventuels et le cloître ont alors été démantelés. Seule l'église a subsisté comme église paroissiale.£Au cours de la seconde moitié du 19e siècle et les premières années du 20e siècle, de nombreuses restaurations ont été effectuées sur l'église : voûtement de la nef, percement de fenêtres, remplacement des vitraux (par Hirsch en 1873), construction du porche d'entrée.£L'église est inscrite à l'Inventaire des monuments historiques depuis 1960. Les stalles en bois sculpté de la fin du 15e siècle, une pietà du 16e siècle en bois doré et quatre grands tableaux de Jean-Baptiste Smets sont classés Monuments historiques. Trois lustres en bois doré de la fin du 18e siècle et l'autel du choeur en terre cuite polychrome et en pierre de la fin du 19e siècle sont inscrits à l'Inventaire supplémentaire des monuments historiques.£Une étude archéologique du bâti est souhaitable pour démêler les différentes phases de construction de l'église. Celles-ci sont encore bien visibles mais trop imbriquées les unes dans les autres pour qu'une simple étude d'inventaire du patrimoine puisse en déterminer tout le sens. Plusieurs questions restent ainsi en suspend, concernant notamment la porte à linteau droit sur coussinets obturée par l'escalier en vis, les baies en plein-cintre visibles dans la tour et donnant actuellement sur le niveau de comble au-dessus de la croisée du transept, le vaste arc en plein-cintre visible sur le mur nord de la nef, etc.