Les parties les plus anciennes de l'église ne remontent pas au-delà du 15e siècle. Avant la fondation du couvent, en 1386, il existait déjà à cet emplacement une église hors les murs, dont il ne reste rien. De l'église du 15e siècle subsistent deux voûtes au nord et la chapelle de la Vierge au sud. L'édifice affecte un plan commun aux monuments de l'ordre, avec une seule rangée de piliers divisant l'édifice en deux nefs inégales dans lesquelles prenaient place les fidèles et les religieux. L'entrée de l'église est ornée de pilastres cannelés à chapiteaux corinthiens, soutenant un fronton triangulaire du 17e siècle. Un escalier descend dans la nef depuis cette porte surélevée. L'abside gothique a disparu. En 1643, la façade et la nef furent refaites par les architectes Jean et Pierre Castéra. Le cloître fut également reconstruit par leurs soins. En 1780, Jean-Jacques de Pommaret, prieur, fait construire la partie des bâtiments conventuels qui longe la rue et celle qui mène au Gers. En 1793, l'ancien clocher est démoli.