La gare a été mise en service le 17 juin 1873 par la compagnie des chemins de fer du Midi.
Gimet indique dès 1874 (op. citée, p. 8) que la gare est établie dans le faubourg sud de Luchon, à Barcugnas : des omnibus y attendent les voyageurs qu'ils conduisent en centre-ville pour 0, 60 F par personne.
Entre 1908 et 1909, des travaux d'agrandissement des installations aux agents des trains du magasin des messageries ont lieu (Rapports et délibération du Conseil général de la Haute-Garonne). Sur une photographie prise vers la fin du 19e siècle par Eugène Trutat (MHNT_PHa_1521_T_029), le petit corps de bâtiment au nord n'était pas construit : il date sans doute de cette campagne de travaux. Les plans anciens de la ville de Luchon (1882 et 1898), montrent que la gare était complétée au nord par une halle aux marchandises.
La gare est le terminus de la ligne provenant de Montréjeau. Divers projets pour la prolonger jusqu'en Espagne où pour la raccorder à un réseau de tramway n'ont pas abouti.
La ligne ferroviaire entre Montréjeau et Luchon a dû fermer en 2014 mais est relancée au début des années 2020 et doit être remise en service en 2025 avec des trains diesel ayant vocation à être remplacés rapidement par des trains à hydrogène. Ce projet d'aménagement ferroviaire s'accompagne de la gare de Luchon.