Moulin reconstruit en 1699-1700, mais dont l'existence était attestée dès le 14e siècle. Bien documenté grâce aux travaux de Gabriel Vernet, le moulin dit "En Agasse", ou "de Nagasse", appartenait à la châtellenie de Verfeil et faisait partie des biens temporels des archevêques de Toulouse. Il constituait un bien noble dont le détenteur devait rendre hommage au seigneur évêque.
Son possesseur en 1574, un certain Jacques de Verdiguier, était marchand pastelier à Toulouse. En 1583, il prend un fermier pour le moulin qui devra lui livrer 34 setiers de blé et planter 50 saules chaque année. En 1590, Verdiguier prend la tête d'une troupe de huguenots et monte à l'assaut de Montastruc. Il y trouve la mort avec 235 de ses coreligionnaires. Ses biens sont saccagés et le moulin ruiné.
A partir du 16e siècle, le moulin fut occupé par un suite ininterrompue de meuniers. On sait qu'il est propriété de Pierre d'Assezat en 1675 : "Un moulin à deux meules, bâti de briques avec deux guarites à cul de lampe servant de défence". Victime d'un incendie, des intempéries et de diverses dégradations le moulin de Nagasse est vendu en 1699. Il est racheté par Jean Giscard, un riche marchand drapier.
Il fut donc reconstruit en 1699-1700 comme moulin à farine. Les tours sont conservées davantage à titre ornemental que pour servir de défense. Dix ans plus tard, le moulin est réparé et son propriétaire fait construire un moulin à vent. Le moulin de Nagasse est vendu en août 1797, inutilisé depuis longtemps, il était dans un état de vétusté assez avancé.
Acquis par Joseph de Malaret, il est réparé. Le nouveau propriétaire y installe un meunier mais vend le moulin dès 1805 à Jean et Barthélemy Bernet. Il fonctionnera tout au long du XIXe siècle. En 1821, il disposait d'un pressoir à huile en complément. En 1878, il avait deux paires de meules actionnées par des rouets à trompe, sous une chute de 3 m 75, qui donnait une force utile de 3 cv.
Le moulin à eau cessa de moudre vers 1909 et le moulin à vent fut démoli pendant la Première Guerre mondiale. Nagasse servit d'exploitation agricole jusqu'en 1940. Etables et remises furent démolies vers 1945. Le canal d'amenée fut comblé pour des raisons de rembrement et l'ensemble en ruine fut une nouvelle fois vendu le 15 septembre 1969. Les derniers propriétaires entreprirent de restaurer le moulin qui fut inscrit sur la liste supplémentaire des monuments historiques le 8 avril 1971.
