L'établissement thermal de Ganties est fondé à la fin des années 1820 par Jean-Bertrand Chaton, horloger à Saint-Gaudens. En août 1829 il obtient du Ministère de l'Intérieur l'autorisation d'exploiter la source existante sur sa propriété (cf. AD Haute-Garonne, 5M47, 1829). Le Sieur Chaton aurait d'abord construit « un baraquement en planches et en genêt pour y abriter et y loger huit baignoires en bois ». Deux ans après l'ouverture de l'établissement, soit en 1831, il bâtit un édifice en dur pour accueillir les curistes (cf. Ganties, monographie communale, 1885, p. 8). D'après le propriétaire, celui-ci abritait treize baignoires ainsi qu'un bain à vapeur. Le Sieur Chaton a aussi fait construire « une maison à loger les malades et à restaurant » (cf. 5M47, 1838).
En 1843, l'établissement thermal est vendu au Sieur Dencausse, qui ne la semble-t-il guère entretenu (cf. 5M47, 1861). Daprès une brochure publiée au tout début des années 1870, le bâtiment abritant les bains a été restauré à neuf en 1869 (cf. Filhol, p. 8). L'édition de 1882 du Guide diamant sur les Pyrénées précise que l'établissement abrite alors neuf baignoires (cf. Joanne, 1882, p. 265).
Au milieu du 19e siècle les bains de Ganties accueillent entre cinquante et cent baigneurs chaque année (cf. 5M47, 1850 ; Ganties , 1885, p. 10). La fréquentation augmente nettement dans le dernier quart du 19e siècle avec environ trois-cents curistes par an.
Les archives municipales indiquent qu'en 1882 les Bains de Ganties appartiennent à Dominique Trombe (AM Ganties, 1G7). C'est d'ailleurs la famille Trombe qui réunit, au tout début du 20e siècle, l'établissement de Ganties et l'établissement voisin de Couret sous le nom de Ganties-les-Bains.
La station thermale ferme définitivement au début des années 1960. L'édifice qui abritait à l'origine les bains de Ganties est détruit dans la seconde moitié des années 1990, suite au rachat de l'ensemble bâti par la société Vichy St-Yorre. Toutefois, la tradition orale rapporte que le bâtiment avait été transformé en habitation dès la première moitié du 20e siècle.