L’ancien temple de Bernis, dont l’emplacement demeure inconnu, est détruit à la révocation de l’édit de Nantes en 1685 sur ordre du capitaine des Dragons. Les matériaux sont vendus en 1689 pour la restauration du presbytère et la cloche est placée dans l'église.

Une pétition adressée au préfet témoigne de la volonté du consistoire d’élever un nouveau temple à Bernis dès 1804. Le choix du terrain fait toutefois l’objet d’interrogations. Les protestants sollicitent la permission de le construire à l’emplacement supposé de l’ancien temple : sur une place publique entre la rue de l’Église (actuelle rue Saint-Léonard ?) et la Grand-Rue (présente sur le cadastre de 1831). Une impasse portant le nom « de l’ancien temple » se situe derrière la poste (parcelle 198 feuille BB).

Les catholiques réclament alors l’intervention d’un ingénieur pour confirmer la nature des fondations de cette place et y installer une croix. Dans son rapport du 1er octobre 1804, l’ingénieur Grangent atteste que les vestiges présents (trace d’une voûte et d’un mur d’enceinte dans les mêmes matériaux que le rempart) correspondent au fossé et non à l’ancien temple qui n’aurait pu se trouver “dans un fossé de place-forte qui devait être profond, presque toujours rempli d’eau”. L’ingénieur prononce un avis défavorable à la construction en raison de l’instabilité des fondations et du besoin de libre circulation de l’air.

La construction du temple de Bernis est finalement autorisée par le ministère de l’Intérieur le 17 mars 1809 sur un terrain communal près des anciennes murailles transformées en promenade (cadastre de 1831 parcelle 214). Le chantier est entamé selon les plans de l’ingénieur Charles-Etienne Durand à partir de 1811. Un incendie se déclare en 1816. Les travaux sont rapidement suspendus en raison d’un problème de stabilité dû aux fondations.

L’architecte Henri Durand et ses entrepreneurs sont condamnés par la cour royale à effectuer des ouvrages de consolidation en 1821. Le maire interrompt alors les travaux pour cause d’empiètement des contreforts projetés sur le domaine public. L’architecte du département Simon Durant, envoyé pour constater le litige, autorise la construction des contreforts en raison de leur faible saillie (1,5 mètre sur 7 mètres de largeur de la voie publique). Dans son rapport du 20 octobre 1824, il conclut que les lézardes peuvent résulter de la poussée de la voûte, des vices du sol ou d’une mauvaise construction ; il suggère de renoncer à la voûte au profit d’un plafond.

Après vérification des travaux, le temple de Bernis est inauguré le 13 novembre 1827 comme en témoigne la date portée sur la grille du portail.

En 1847, le registre de délibérations communales témoigne de la volonté des protestants d’élever un clocher sur la façade. Des restaurations de la toiture sont effectuées par l’architecte Henri Révoil et l’entrepreneur Jean Figon entre 1854 et 1855 (6 858, 43 francs) puis par l’architecte Sénilhac en 1901 (3 070 francs).

Le temple de Bernis est fermé au public par arrêté depuis le 30 octobre 2012 suite à des problèmes structurels. Compte tenu de son emplacement, il est possible que l’instabilité des fondations résulte de la même problématique que la place publique envisagée précédemment pour sa construction. Il fait aujourd’hui l’objet d’un programme de restauration en vue de sa réhabilitation comme lieu cultuel et culturel. Les travaux projetés sont les suivants : injection de résine pour stabiliser l'assise, mise en place de capteurs, reprise des maçonneries, des joints et des enduits, révision de la charpente et de la toiture, réfection des sols et des plafonds.