L’église primitive de Saint-Côme, mentionnée dans la bulle du pape Adrien IV en 1156, est détruite en 1562 durant les conflits religieux. Les arrêts royaux successifs réclamant son rétablissement en 1631, 1649 puis en 1667 se heurtent au refus des consuls. Le service divin s’effectue entre la fin du XVIe siècle et la fin du XVIIe siècle dans une demeure privée.
Les archives diocésaines de Nîmes conservent une retranscription d’un acte notarial signé par Pierre Ferrand notaire greffier du diocèse de Nîmes en 1686 pour la reconstruction de l’église de Saint-Côme. Elle est confiée au maître maçon Jean Fosse selon les plans de l’architecte Guillaume Cachaud originaire de Carcassonne. L’église est construite sur la place devant le château, avec les matériaux de la démolition du temple. L'église fait 12 toises de longueur pour 4 de largeur (environ 24 par 8 mètres) et comprend un chœur voûté en cul-de-four. La description de cet édifice semble correspondre avec l’église actuelle. La visite de monseigneur Fléchier en 1694 confirme le bon état du bâtiment.
L’église est incendiée par les troupes de Cavalier lors des révoltes camisardes en 1703. L’édifice est ensuite confié au gouvernement pendant la période révolutionnaire, le culte est alors transféré à Clarensac.
En 1825, l’architecte départemental Durand informe le préfet de l’état alarmant de l’église de Saint-Côme : sa voûte menace de s’effondrer et des travaux sont nécessaires pour conforter les murs latéraux. Selon la monographie du diocèse de Nîmes rédigée par l’abbé Goiffon, des restaurations sont effectuées en ce sens en 1828.
Le curé de la commune demande en 1859 que des rénovations soient effectuées avant la visite de l’évêque. Celles-ci comprenant le blanchiment des murs et le remplacement de tuiles (406 francs) sont réalisées un an plus tard.
