Au milieu du XVIe siècle, Saint-Geniès devient une place forte de la Gardonnenque et la commune s’entoure de murailles. Le premier temple, érigé en 1561 sans doute place de l’Ancien Temple est rasé en 1685 suite à la signature de l’édit de Fontainebleau.
Une enquête du 16 germinal de l’an XI (6 avril 1803) confirme l’existence d’un édifice concédé à la pratique des deux cultes. Ce double usage de l’église catholique, confirmé l’année suivante, est accordée en échange de la participation de la communauté protestante à l’entretien de l’édifice.
En 1835 sous l’impulsion du pasteur Victor Broussous, le conseil municipal confie la construction du temple à l’architecte Alphonse de Seyne sur un terrain appartenant à la famille Ducros. Le financement s’élevant à 22 211 francs est réparti entre une imposition extraordinaire de 1836 à 1845 (14 137 francs) et des souscriptions volontaires.
La date d'achèvement du chantier par l'entrepreneur Henri Fabre est incertaine. Ainsi l’inscription sur le clocher et la plaque commémorant l’implication du pasteur dans l’érection du temple s’accordent sur l’an 1838. Cependant la réception définitive des travaux est effectuée deux ans plus tard. Une enquête sur la situation des édifices religieux du département réalisée en 1885 indique que la construction semble se poursuivre jusqu’en 1843.
En 1845, une grille est ajoutée au sud par l’entrepreneur Massabieau pour protéger les abords du temple. La toiture du temple s’effondre une première fois en 1870. Un secours de 1 500 francs est alors accordé par le ministère de l’instruction publique et des cultes pour effectuer des réparations et ajouter des fermes en fer. L’adjudication est refusée à l’entrepreneur Auguste Porcheron en raison de la mauvaise exécution d’ouvrages dans d’autres localités.
La couverture s’écroule à nouveau le 27 février 1888 face à l’accumulation des neiges, seules les élévations demeurent. Les archives mentionnent des restaurations s’élevant de 11 760 francs (maçonnerie, charpente, pavement, tribunes) prévues par l’architecte Laurent et l’entrepreneur Charbonnier mais la demande de secours du gouvernement est refusée.
Ces ouvrages ne semblent pas avoir été réalisés car le temple est cédé en état de ruine au conseil presbytéral en 1889. En 1892, les protestants de Saint-Geniès, pourtant nombreux, sont toujours dépourvus de temple. Le culte est célébré dans un enclos du village dans l’attente des fonds nécessaires.
L’architecture actuelle du bâtiment correspond aux plans dressés par l’architecte Laurent en 1888. Néanmoins la date de reconstruction comprise entre 1892 et 1935 est incertaine. Des réparations sont effectuées en 1935 suite à une crue de l’Esquielle. L’édifice et son terrain sont propriétés communales depuis 2019.
