L’existence de la paroisse saint Pierre est attestée dans la bulle papale d’Adrien IV en 1156 ; cependant la date de fondation de l’édifice reste inconnue tout comme l’emplacement exact de l’église attachée au castrum en 1121. Le seigneur de Marguerittes, Charles de Gévaudan, affecte cette chapelle seigneuriale au culte paroissial en 1620.

L’édifice est au centre des oppositions religieuses, notamment entre les sièges de 1570 et 1588, mais aucune source ne fait mention d’une affectation au culte réformé. En partie détruite au début du XVIIe siècle, l’église aurait été reconstruite malgré l’instabilité religieuse comme en témoigne la datation 1606 inscrite selon des témoignages du 19e siècle sur l’une des colonnes du portail occidental. Une autre datation 1668 inscrite sur une pièce de la charpente laisse supposer de nombreuses reprises probablement suite à des incendies.

L’aménagement de la tribune à la même période, pourrait correspondre à un besoin d’accueillir plus de fidèles suite à la destruction de l’église Notre-Dame de l’Agarne en 1691.

Dès le début du 19e siècle, des nécessités de restauration sont mises en avant par le curé et le conseil municipal. La construction d’une tribune approuvée par le préfet en 1811 correspond sans doute à un agrandissement de celle déjà présente. En 1851, le maire Jean-Louis Conte se rapproche de l’architecte départemental Léon Feuchère et obtient quatre devis de restauration. Parmi ces derniers, un projet, présenté au conseil en 1852, consiste en un changement d’orientation de l’édifice vers la place actuelle du calvaire. Cet agrandissement engendre des discussions controversées en raison de l’emprise qu’aurait l’église sur la place publique. Le conseil municipal s’oriente finalement vers une construction ex-nihilo correspondant au devis d’août 1866 dressé par l’architecte diocésain Henri Révoil.

L’ancienne église qui devait être vendue pour contribuer au financement de la nouvelle ne le sera qu’en 1884, date à laquelle elle est cédée à Jules Privat pour 3200 francs.