Fontjoncouse a été créée à la fin du 8e siècle par un Espagnol émigré, Jean, qui obtint en 793 une "aprision", le droit de défricher une terre inculte et d'en acquérir la propriété. Il y construisit une église. Au 10e siècle, cette église fut donnée à l'archevêque de Narbonne par les seigneurs de Fontjoncouse. Le lieu fut sans doute fortifié dès le début, bien que la dénomination "castrum" n'apparaisse qu'en 1106. Ces remparts s'appuient à l'église en dessinant un ovale irrégulier percé d'une seule porte dont l'arc en plein cintre peut être rapporté au 12e siècle. En dépit de certains archaïsmes, la nef et le portail de l'église ne semblent pas antérieurs au 12e siècle. La nef romane est voûtée en berceau brisé appareillé. Les deux travées de la nef sont séparées par un arc doubleau de profil rectangulaire, reposant sur des piliers demi-circulaires engagés. Les chapiteaux sont cantonnés de têtes d'angle très saillantes, la corbeill garnie de feuillages très simples. Malgré son aspect gothique, le sanctuaire est d'origine romane, comme le montrent les piliers engagés dont les chapiteaux présentent des décors semblables à ceux de la nef. Il est voûté sur ogives avec formerets. Ce chevet a pu être remonté à l'époque gothique. Il resterait à déterminer si les piliers-supports, d'aspect roman, sont des éléments remployés ou si leur style a été influencé par celui des supports de la nef. Les chapelles latérales au sanctuaire sont probablement récentes. Le clocher, barlong, est adossé au mur occidental. Les liaisons montrent qu'il est plus récent que ce mur. Le portail s'ouvre au nord de la travée de fond. Il est en plein cintre, à quatre rouleaux, sans tympan. L'arc extérieur du portail soutient un avancement formant porche, couronné par une corniche qui repose sur dix modillons concaves. L'ensemble du portail est constitué par une pierre calcaire du pays, d'une teinte plus claire que les autres parties de l'édifice. Si du côté du chevet, les murs de ce dernier suffisent à assurer la défense, il n'en était pas de même à l'ouest. Le puissant mur latéral de l'église se prolonge de ce côté par une courtine de tracé oblique. Ces murs ne présentent ni baies, ni archères.