L'essentiel de ce dossier est tiré de l'étude de Georges Gonzalvès lors de la proposition d'inscription de l'édifice au titre des monuments historiques.

La population du Mas-d'Azil fut acquise très tôt à la religion protestante. Dès 1561, un premier pasteur s'établissait dans le village et l'abbaye bénédictine, fondée au 9e siècle, était saccagée. Après s'être un temps réunis dans l'église paroissiale, la communauté protestante, en pleine expansion, décida, en 1610, de construire un temple près de la porte d'Albech, à l'est du tour de ville.

Endommagé pendant le siège de 1625, le temple de la porte d'Albech est démoli. Il faut attendre la fin du 18e siècle pour qu'une maison d'oraison soit installée dans un hôtel particulier à proximité du chevet de l'église paroissiale. Après le Concordat, le Mas-d'Azil devient le siège du consistoire protestant du département. On rachète en 1804 l'ancienne église paroissiale pour la restaurer et l'aménager pour le culte. Les travaux côutent 8600 francs mais l'édifice est très vite trop exigu et menace ruine. C'est pourquoi, en 1820, les dépendances de l'ancienne abbaye, dont le lazaret, sont achetées pour y construire le nouveau temple et son presbytère.Les travaux sont terminés en 1821 et le temple est inauguré trois ans plus tard.