Le village est édifié au pied d'une ancienne motte ecclésiale. L'église d'Unzent était un prieuré de la cathédrale Saint-Etienne de Toulouse. Au 12e siècle, une famille seigneuriale d'Unzent est mentionnée à l'occasion de donations faites à des monastères. Son domaine ne recouvrait que quelques paroisses. En 1231, une léproserie est mentionnée à Unzent. Au 13e siècle, on y rencontre la puissante famille de Montlaur. Au 14e siècle, les seigneurs d'Unzent siègent aux Etats de Foix. En 1318, le nouveau diocès de Pamiers s'agrandit grâce à l'annexion du prieuré d'Unzent. En 1423, le seigneur Raymond d'Unzent a quelques démêlées juridiques avec les habitants, mais la communauté détient des privilèges défendus par la juridiction de Pamiers. En 1487, après deux jours de siège, le village, jusque là dépendant du Comté de Foix, est pris par les partisans de Catherine de Navarre et brûlé. Après cette date, les revenus de la paroisse sont affectés à Notre-Dame du Camp à Pamiers. Au 16e siècle, Unzent fait partie des seigneuries hautes-justicières situées hors du domaine comtal : elle est détenue, avec Saint-Amans, par les seigneurs de Lordat. En raison de la proximité géographique, les liens avec Saverdun deviennent plus effectifs : les habitants d'Unzent étaient notamment redevables d'un droit consulaire de ""pontanage"", c'est-à-dire qu'ils devaient contribuer à l'entretien des ponts de Saverdun. D'anciennes voies de communication passaient autrefois par Unzent, alors que le village se trouve aujourd'hui très à l'écart. L'ancien château construit sur un plan en quadrilatère (probablement au 16e siècle, remanié au 18e siècle) a été rasé au cours de la 2e moitié du 20e siècle. Après la Révolution, la commune était encore confortablement peuplée, se maintenant entre 300 et 400 au cours de la 1ère moitié du 19e siècle. Elle accuse ensuite une baisse régulière bien que l'annuaire départemental de 1907 signale en plus des deux hameaux, l'existence de 12 fermes en activité et une production essentiellement agricole, centrée sur la culture du blé et du maïs. On comptait alors 290 habitants, un instituteur, deux forgerons et deux charpentiers. Après le déclin des années 70, la commune récupère aujourd'hui sa population avec 122 habitants en 1999. La mairie-école actuelle, construite vers 1943, a remplacé une ancienne école plus modeste proche.