Exemple parmi plusieurs autres de l'enchevêtrement des droits en appaméen, le territoire des Pujols au Moyen Age est morcelé entre plusieurs propriétaires. Une seigneurie y est attestée dès la fin du 12e siècle : en 1200, un certain Nontul des Pujols donne au Comte de Foix ce qu'il possède aux Pujols. A l'extrême fin du 12e siècle, quelques droits sur les Pujols sont reconnus à l'abbaye de Boulbonne. Raimond del Pujol, présenté comme chevalier de Dun, aurait vécu à Montségur entre 1220 et 1225. En 1247, il est aussi mentionné que le prieuré de Montoulieu à Manses possédait, entre autres, des terroirs sur Les Pujols. Le hameau des Fournels, quant à lui, appartenait au 13e siècle aux localités détenues en commun par l'abbaye Saint-Antonin et l'évêque de Pamiers : ces localités, comprises dans les fiefs du Comte de Foix, sont rappelées dans le paréage de 1308 qui énumère les communes placées sous tutelle royale, représentées par la viguerie royale des Allemans. Une léproserie, probablement de très petite taille, est attestée aux Pujols en 1231. Le cadastre napoléonien fait ressortir une forme circulaire originelle sans bâti, occupant l'extrémité de la butte des Pujols, en position stratégique : il pourrait s'agir d'un noyau castral ou d'un bourg castral fortifié. Une extension de cette enceinte vers le sud est perceptible, englobant des parcelles bâties et non bâties, l'ensemble s'inscrivant dans une forme ovale. L'église apparait alors (sa construction est attestée dès le 13e siècle), positionnée sur le flanc sud de cette deuxième enceinte, comme faisant partie de la fortification. Puis le village actuel se greffe sur cet ovale au sud, présentant des alignements de bâtis parallèles et perpendiculaires. Concernant l'église, son ancien vocable (Saint-Pierre) laisserait supposer une fondation bien antérieure au 13e siècle. Auquel cas, était-elle à cet emplacement ? Par ailleurs ce même vocable s'est maintenu au cimetière Saint-Peyre dont l'église a disparu près du hameau du Py : la question peut se poser d'un éventuel transfert de vocable d'une ancienne église abandonnée vers une nouvelle construction. Les parties hautes du village, sorte de grande terrasse aplanie en bordure de laquelle se tient à présent l'école, auraient été retaillées aurtour de 1900, et les vestiges de l'agglomération médiévale primitive alors détruits par arasement. Sur le plan démographique, en l'An 12, la commune des Pujols se situe au 2ème rang après Bonnac (477 habitants). Elle approche 600 habitants au cours de la 2ème moitié du 19e siècle, et se maintient depuis, avec 528 habitants en 1999. La commune a su tirer profit de la forte présence de l'eau (ancien moulin de Gapia, encore en place aujourd'hui) et de quelques activités industrielles : forge, briqueterie, cette dernière en activité jusque vers le milieu du 20e siècle.