Le village doit son origine à un château fortifié nommé Castlar, établi sur une hauteur dominant la vallée de l'Hers, disparu très tôt au cours du Moyen Age. Enrichie grâce aux donations, l'abbaye de Saint-Antonin, en 1198, reçoit le château du Carlaret du Comte de Foix. Le village se développe à proximité du château. Nommé Le Carla, il reçoit en 1204, de Raimond Roger de Foix, un acte de coutumes (avec règlement de justice) évoquant la question du défrichement, qui l'assimile à une sauveté. La paroisse, sous le vocable Saint-Saturnin, est une fondation bien antérieure au 13e siècle (ancien site gallo-romain ?). Sur le cadastre napoléonien, le village est un simple hameau, à quelques mètres de l'église. Le château fut inféodé bien avant le 13e siècle à la famille seigneuriale de Castlar. Arnaud du Carlaret rend hommage, en 1248, à l'abbé de Saint-Antonin. Durant tout le Moyen Age, l'histoire du Carlaret se confond avec celle de l'abbaye, ainsi que celle du Comté de Foix. La communauté subit en effet les conséquences des conflits de pouvoir entre les deux autorités : Le Carlaret est saccagé par le comte entre 1295 et 1297, en représailles à un désaccord sur le paréage de Pamiers. Le paréage de 1308 la place enfin parmi une trentaine d'autres bourgs et villages sous l'autorité du roi de France, représenté localement par la viguerie des Allemans. Le Carlaret appartint par la suite pour moitié à la Temporalité de l'Evêché de Pamiers qui l'avait hérité de l'abbaye Saint-Antonin. Le 13 mai 1416, les Belpech vendent à Hugues de Lordat, seigneur de Cazenave, la seigneurie de La Bastide et un quart de celle qu'il détiennent au Carlaret, l'autre quart appartenant au chevalier Alzias Rigaud et la moitié restante à l'Evêché de Pamiers. Les Rigaud de Vaudreuil, hormis leur seigneurie de Trémoulet et le quart du Carlaret, étaient co-seigneurs par moitié de Ludiès et Saint-Amadou (l'autre moitié appartenant en indivision au roi et à l'Evêque de Pamiers). A la fin du Moyen-Age et jusqu'à la Révolution, parmi les communautés de l'ancien paréage de 1308 qui relèvent encore de l'administration royale figure Le Carlaret. En 1678, on y comptait une ferme ecclésiastique et plusieurs métairies propriétés de l'évêché. A la Révolution, on signale la vente des métairies de Baulussio (propriété des Jacobins) et de Laborie, ancienne métairie des chanoines de Pamiers. La démographie s'est maintenue approximativement autour de 200 habitants tout au long du 19e et du 20e siècle, n'accusant qu'à partir des années 1970 (135 hab) une baisse réelle qu'elle n'a pas encore compensée (145 habitants en 1999). Le siège de la commune est sur le hameau de La Bardaille. L'ancienne gare du Carlaret appartient à la branche secondaire Pamiers-Limoux qui desservait l'axe ferroviaire principal Bram-Lavelanet aménagé en 1892. Cette ligne fut déclassée en 1941.