L'éthymologie du toponyme serait liée au grand nombre de sources jaillissant du coteau. Benagues est très peu mentionnée au Moyen Age, excepté en 1263 dans l'acte d'aveu et de dénombrement du Comte de Foix au roi, où elle est désignée sous le terme de ""villa"". En 1281, on signale l'existence d'un moulin. En 1308, Benagues est propriété de l'évêque de Pamiers, incluse dans le paréage entre l'évêque Bernard et le roi Philippe IV. A la fin du Moyen Age et sous l'Ancien Régime, Benagues dépend de l'administration royale. Elle est détenue par une co-seigneurie. En 1669, a lieu le dénombrement de Louis de Fornier pour Benagues. Au 17e siècle, Jean-François Robert de Fiches signe les baux de la métairie de Benagues et du moulin farinier. Au 18e siècle, on assiste à l'essor de la famille Vergniès, qui acquiert en 1749 le quart de la seigneurie possédé par la famille Ville. En amont de Pamiers, Benagues jouait le rôle d'octroi. Au 18e siècle, sur l'emplacement de la ferme de Charly, un château assurait la perception de droits de passage sur l'Ariège et la pesée des animaux avant l'entrée dans Pamiers. La Carte de Cassini (milieu 18e siècle) mentionne, à côté du village de Benagues, deux fermes à Barrau et à Fourcade, un hameau à Guilhot, un autre bâti au Camp del Bert (emplacement de Charly). Sur le plan du cadastre napoléonien de 1827, chaque pièce de terre porte un nom spécifique. Ces terrains étaient traditionnellement délimités par des bornes en pierre disposées aux angles, et par des fossés. Un grand nombre, précédé du mot ""camp"", est occupé par des vergers. La vocation industrielle s'affirme avec le 19e siècle. Fondés par les familles Vergniès et d'Orgeix alliées, les forges sont localisées sur le site de Guilhot, complétées plus tard, avec les frères Subra, par des scieries et des hauts fourneaux. Benagues est désormais un village d'agriculteurs et de forgerons-taillandiers qui se distingue au début du 20e siècle par sa production métallurgique. Comme les autres communes placées sur cette section particulièrement menacée, entre Varilhes et Pamiers, par les crues fréquentes de l'Ariège, Benagues est soumise aux caprices de la rivière. Une digue est emportée en 1772, un moulin en 1777, la forge Guilhot en 1897. Entre 1899 et 1900 y sont réalisés des travaux d'endiguement de l'Ariège, en raison des enjeux agricoles et industriels présents sur la commune. La démographie reste stable au 19e siècle, entre 200 et 250 habitants. Elle accuse une baisse sensible après chaque conflit mondial puis une reprise après 1975, confirmée aujourd'hui avec 341 habitants. En 1907, on comptait 60 maisons et une école. Grâce à l'usine électrique créée par la Société Métallurgique de l'Ariège pour l'usine de Pamiers, le village bénéficie très tôt de l'électricité (dès 1915). L'eau n'a été longtemps accessible qu'auprès du puits communal sur la place du village, amélioré par deux pompes en 1885-86. L'adduction d'eau potable est réalisée en 1926 par l'architecte Sauret de Foix. L'eau courante est acheminée vers 1957-58, grâce à une station de pompage située près de Charly. L'assainissement n'est mis en place qu'en 2003.