L'édifice est déjà représenté à son emplacement actuel, avec la même emprise au sol, sur les planches du cadastre dit napoléonien datant des premières décennies du 19e siècle. L'édifice est sans doute déjà existant dans le courant de la 2e moitié du 18e siècle. La génoise couronnant les élévations latérales pourrait l'attester. Au cours du 19e siècle, l'église est restée plusieurs années sans prêtre desservant. En 1885, la direction des Cultes du ministère de l'instruction publique, des Beaux-Arts et des Cultes demande au sous-préfet de Pamiers l'érection de l'église de Benagues en église paroissiale jusqu'alors réunie pour le culte à celle de Saint-Jean-du-Falga, ""Vu que la commune qui dans le temps était pourvue d'un prêtre et qu'elle est assez importante, qu'elle possède une église en bon état ainsi que les objets nécessaires à la célébration du culte et qu'elle peut facilement disposer d'un logement convenable pour un desservant de l'église"". L'encadrement du portail date du 19e siècle. Cette petite église est très représentative de ces chapelles ou églises secondaires érigées en paroisse au cours du 19e siècle, et dont la modestie architecturale et la taille correspondent à la richesse et au poids démographique de cette commune rurale. Le cimetière, alors à proximité immédiate de l'église, de l'autre-côté de la rue du chevet, est déplacé en 1903. Son mur de clôture avait été édifié en 1864. La toiture de l'église fait l'objet d'une restauration en 1920. L'église a été restaurée (enduit et crépi extérieurs, enduits intérieurs repeints) en 2000-2001.