Au XlVe siècle l'église dépendait, comme simple chapelle, de la paroisse de Saint-Saturnin de Lucian. En 1631 lors d'une visite pastorale, l'évêque Plantavit de la Pauze remarque que l'église de Jonquières placée "soulz le titre de Jean l'Evangéliste est fort petite et aurait besoin d'estre agrandie ou changée en un lieu plus comode". Elle sera rebâtie quelques années plus tard puisqu'en 1659 Roger de Harlay se rendant à Jonquières, le 5 Juin, constate que "l'église est rebâtie de neuf, voûtée et blanchie" ; il y a alors 180 communiants. L'église a donc été reconstruite autour des années 1656-1659 époque à laquelle Bernardin de la Tude fit construire son château. En 1734 l'église nécessite quelques réparations notamment au niveau de la voûte du choeur qui est fendue. L'évêque Georges de Souillac signale également la nécessité qu'il y a de crépir, de paver, de vitrer et de couvrir l'église.

Après 1856, selon le projet de l'architecte départemental Bésiné, (daté du 1er septembre 1856), le choeur, séparé à cette époque de la nef par un mur et transformé en sacristie, retrouve sa destination primitive tandis qu'une nouvelle sacristie était construite contre l'ancien chevet.

Le clocher-porche a été élevé sur les dessins de l'architecte A. Devic de Montpellier, par l'entrepreneur Jean SALVAN, de 1889 à 1896, dans le "style ogival primitif". Sa construction a été partiellement financée par une donation de 4.000 Francs, faite par testament, en faveur de la commune par Jean-Edouard BARRAL, "garde du génie en retraite" (1865).

Certaines parties plus anciennes d'époque romane semblent avoir été conservées notamment l'ancienne porte à arc plein-cintre actuellement murée ainsi que certaines bases de mur. La voûte en brique de l'abside correspond certainement à la réfection de 1734.