Résumé : Au 13e siècle, construction d'un premier couvent entièrement détruit lors des guerres de religion ; reconstruction à partir de 1635 ; construction de l'église entre 1660, date portée sur la façade et 1662 ; construction du cloître entre 1671 et 1675 ; détruit en 1974 après inventaire.
Le premier couvent des Cordeliers, fondé au début du XlIIe siècle, (entre 1210 et 1215, selon le chanoine Saurel) a été détruit par les Religionnaires, avec sa chapelle, en 1561, en même temps que les églises Saint-Pierre et Saint-Michel de Gignac.
Un second édifice, à usage exclusivement monastique (la chapelle de l'Hôpital ayant été concédée en 1602 aux religieux) fut élevé au début du XVIIe siècle, mais disparut à son tour en avril 1621, avec la chapelle de l'Hôpital.
Le Père Guillaume GUISSEL, (ou GUINEL) chargé par le définitoire de la nouvelle reconstruction "fit mettre la main à l'oeuvre le 24 Mai 1633". C'est par le corps de logis achevé dès 1635 que furent commencés les travaux. Cette année là, le 8 octobre, la visite pastorale de Clément de Bonsi signale la présence de "quatre religieux prebstres et deux jeunes". Le réfectoire servit de chapelle jusqu'en 1662.
La construction de l'église fut entreprise seulement en 1660 ; terminée vers 1662, elle reçut son clocher l'année suivante . Le cloître "fort grand" et la galerie supérieure, reliant le couvent à la chapelle, s'élevèrent à partir de 1671 et "furent achevés peu de temps après". La galerie ne l'était pas encore en 1675. L'église dédiée à Saint-François d'Assise comportait six chapelles latérales : au Sud, chapelles de Jésus Crucifié, Saint Antoine de Padoue, Saint François de Salles ; au Nord, chapelles de Saint Sylvestre, Sainte Marguerite, de la Sainte Famille. La statue de Saint François figurait "à l'entrée, au dehors". L'église possédait des reliques des Martyres Honneste, Justin et Honoré, apportées de Rome par le Père Imbert "avec l'authentique du pape du 23 Août 1682". Déposées dans une châsse, elles furent exposées le 7 Octobre 1691.
Dans l'enclos, les cultures pratiquées fournissaient en 1675 "une vingtaine de cestiers de bled, deux ou trois muictz de vin et quelque peu de fourrage...". Prévu pour une quinzaine de religieux, le couvent en abritait à cette date "huict ou neuf".
En 1788, l'Intendant de BALLAINVILLERS signale l'installation "depuis quelque temps", dans le couvent, d'une "filature de coton avec les méchaniques inventées pour simplifier la main d'oeuvre" et "une manufacture de mouchoirs de coton "faisant fonctionner "quarante métiers battans". Supprimé par le conseil politique de Gignac à la Révolution, le couvent, estimé le 28 Février 1791» sera mis en vente avec toutes ses appartenances y compris "les augmentations faites par la compagnie quj a établi une filature de coton..." En avril de la même année le boulanger Etienne PAGES "déclare être dans l'intention d'acquérir" l'église,le clocher "et un petit membre attenant où est le caveau des frères...".
Les premières enchères eurent lieu le 4 Juillet 1791. Il est précisé que le caveau sert alors de sépulture des Pénitents Gris et que les biens (terrain enclos, couvent et église) sont "jouis par les dits Cordeliers d'Alais..."
