Edifice mentionné dans l’acte de consécration de la cathédrale Sainte-Marie de la Seu d’Urgell qui dresse la liste des paroisses du diocèse. On estime qu'elle pourrait dater des environs de l'an mil, lorsque les évêques d'Urgell tentent de légitimer l'ancienneté de leurs possessions.

L'existence de cette petite église romane n’est cependant attestée qu’au 11e siècle, (Poisson, op. cit.) puisqu’elle apparaît choisie à cette époque pour des actes solennels, la publication et le serment de testaments spirituels de personnages importants, en premier lieu celui de l’évêque Salla (6 novembre 1010), ou celui du lévite Guitard (22 septembre 1044). L’église a-t-elle d’ailleurs été construite ou reconstruite à cette époque ? Le testament de l’évêque Isarn, le 13 mai 1044, dispose, entre autres choses, de 6 mancusos, à prendre sur le prix de vente de son cheval, pour l’église de Bajande, ad ipsa dedicatione  : s’agissait-il de pourvoir aux frais de la cérémonie de consécration ?

À la fin du siècle, en 1094, le comte de Cerdagne Guillem Ramon fait don de la villa d’Estavar à l‘abbaye Saint-Michel de Cuxa, où celle-ci possédait déjà des biens. Cette donation au puissant monastère a-t-elle comporté également Bajande ? Toujours est-il qu’au cours du Moyen Âge, Saint-Barthélemy n’apparaît plus comme paroisse, ni dans le rôle d’une dîme exceptionnelle payée en 1279-1280 dans le diocèse, ni dans la liste des églises inspectées par les visiteurs envoyés par l’archevêque de Tarragone de 1312 à 1314.

Olivier Poisson (op. cit., p. 115) estime que l'église pourrait être le résultat d'une reconstruction tardive. Elle devient par la suite une simple annexe d’Estavar, même si, aujourd’hui encore, la présence d’un cimetière et celle de fonts baptismaux médiévaux témoignent de ses fonctions paroissiales anciennes. La sacristie, construite au sud et au nord l'imposant contrefort sont postérieurs de même que le clocher mur.

La porte méridionale en plein cintre invite même à envisager une datation à l'époque moderne. D'ailleurs plusieurs tombes du cimetière sont datées des 17e et 18e siècle.