Fondé aux alentours de 1230-1240, le couvent s'agrandit de la seconde moitié du XIIIe siècle à la fin du XIVe siècle. Du milieu du XVIe siècle au dernier quart du XVIIe siècle, on assiste à un déclin du monastère. Dans la première moitié du 18e siècle, les chanoinesses doivent effectuer de nombreux travaux de réparations dans le monastère. Cinq mois après le vote de l'Assemblée Législative du 4 août 1792 ordonnant la fermeture des couvents et l'interdiction de la vie commune, Antoine Margoüet, architecte et expert du Directoire du District, effectue l'estimation du couvent et constitue des parcelles vendues à des particuliers dès janvier 1793. En novembre 1797, le cloître sert de dépôt d'approvisionnement pour la défense de Perpignan et l'église est utilisée comme magasin militaire. En 1843, l’École normale de garçons vient occuper temporairement des locaux situés dans la rue Émile Zola actuelle. L'architecte J. Vignol réalise un projet d'agrandissement de cette école daté du 1er juin 1869. L'école partage une partie de ces locaux, entre 1847 et 1849, avec les sœurs de Sainte-Claire qui ouvrent sur l'impasse des Amandiers, à l'arrière du Couvent. En 1879, la Société Catholique des Œuvres se porte acquéreur de ces parcelles, propriétés des Clarisses, et revend l'ensemble à la Ville en 1895 pour l'installation des Cours secondaires de jeunes filles. En 1872, une nouvelle École normale de garçons est construite sur une parcelle correspondant aux jardins en terrasses du couvent Saint-Sauveur. Elle est inaugurée deux ans plus tard. Par ailleurs, des Bains publics situés à l'arrière de l'église ont occupés une grande partie de l'enclos du couvent. Leur présence est connue dès 1866 et ce jusqu'en 1931. Dès 1910, les Cours secondaires de jeunes filles sont transformés en Collège de jeunes filles qui partage, en 1932, l'ensemble de l'enclos de l'ancien couvent Saint-Sauveur avec les Bains Saint-Sauveur et l’École normale d'instituteurs, anciennement nommée École normale de garçons. En 1966, le Collège de jeunes filles (devenu Lycée de jeunes filles depuis 1958) est transféré et laisse la place au Collège Jean Moulin.