Cette commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem est attestée en 1195 par un acte de donation du vicomte de Lomagne. Elle est implantée au bord d'un chemin de pèlerinage majeur : la Via Podensis (venant du Puy). Au début du 14e siècle, la domus (maison) entre dans les possessions de la commanderie de La Cavalerie (32). A une période incertaine (15e ou 16e siècle ?), l'édifice est agrandi vers l'Est. Durant les guerres de Religion, le lectourois est une zone de conflits importante ; ainsi la maison n'échappe pas aux protestants qui, au cours de l'été 1590, incendient le logis et les dépendances.